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我该如何在Python中创建类似以下代码示例的径向聚类?

我发现了一些创建类似(至少我认为是这样)以下示例的层次结构的方法,例如在这里stackoverflow.com/questions/2982929/,它们效果很好,几乎实现了我要找的功能。[编辑] 这里是Paul代码的简化版本,相对于当前的聚类形状,现在应该更容易将其转换为径向聚类。impor...

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显示一个Scipy树状图的聚类标签

我正在使用层次聚类对单词向量进行聚类,并希望用户能够显示一个显示聚类的树状图。然而,由于可能有成千上万个单词,我希望将此树状图截断到一些合理的值,并将每个叶子的标签设为该聚类中最重要的单词的字符串。 我的问题是,根据文档,"labels[i]的值仅在它对应于原始观察值而不是非单例集群的第i个...

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在多种颜色中标记ggdendro叶子

我有一个情况,需要绘制带有类别标签的数据点树状图。我希望能看到聚合聚类将相同标签的点分组在一起。通过为标签着色,可以使得这样的树状图更易于阅读。是否可以在R中使用ggdendro实现这一功能?

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从R中的剪切树状图(即用于树状图的cutree函数)中提取标签成员身份/分类。

我试图从在R中切割(cut)到一定高度的树状图中提取分类信息。对于hclust对象,可以使用cutree轻松完成此操作,但我无法弄清如何在dendrogram对象上执行此操作。 此外,我不能仅使用原始hclust的聚类,因为(令人沮丧的是),cutree的类编号与cut的类编号不同。hc &...

13得票3回答
scipy-cluster生成的树状图不显示。

我正在使用scipy-cluster生成一些数据的层次聚类。在应用程序的最后,我调用dendrogram函数绘制聚类图。我正在使用内置的Python 2.6.1和这个matplotlib软件包在Mac OS X Snow Leopard上运行。程序可以正常运行,但是最后火箭船图标(据我所知,这...

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树状图y轴标签混淆问题

我在pandas中有一个大小为(106x106)的大型相关系数矩阵,具有以下结构:+---+-------------------+------------------+------------------+------------------+------------------+-----...

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如何创建带有彩色分支的系统树图?

我想在R中创建一个具有彩色分支的系统树图(dendrogram),就像下面展示的那个一样。 到目前为止,我使用以下命令创建了一个标准的系统树图:d <- dist(as.matrix(data[,29])) # find distance matrix hc <- hcl...

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如何在树形图示例中给边缘贴标签?

如果有一个类似于Dendrogram示例(source)的树形图,如何在边缘上放置标签? 绘制边缘的JavaScript代码如下: var link = vis.selectAll("path.link") .data(cluster.links(nodes)) .enter()...

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通过阈值将SciPy层次聚类图切分为簇

我正在尝试使用SciPy的“dendrogram”方法,根据阈值将我的数据划分为若干个簇。然而,一旦我创建了一个树状图并检索其“color_list”,该列表中的条目数比标签少一个。 另外,我尝试使用“fcluster”,并使用我在“dendrogram”中确定的相同阈值;然而,这并没有产生...

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在R中使用dendextend绘制交错树图子图

我正在使用 dendextend 在 R 中绘制 Tanglegrams。我想知道是否可以使用 par(mfrow = c(2,2)) 绘制多个子图? 我似乎无法解决这个问题。 谢谢。library(dendextend) dend15 <- c(1:5) %>% dist %...