Scipy 链接格式
我编写了自己的聚类程序，想要生成一个树状图。最简单的方法是使用scipy的dendrogram函数。然而，这需要输入数据与scipy的linkage函数产生的格式相同。我找不到关于此输出格式的示例。我想知道是否有人能为我解答。
在数据矩阵之上绘制层次聚类结果的图表
我该如何在Python中将一个树状图绘制在一个值矩阵的顶部，并适当重新排序以反映聚类？ 以下是一个示例图： 这是来自文章《黑猩猩诱导多能干细胞的组成：比较功能基因组学资源》的第6张图片。 我使用scipy.cluster.dendrogram制作我的树状图并对数据矩阵执行分层聚类。然后...
使用sklearn.AgglomerativeClustering绘制树状图谱
我尝试使用AgglomerativeClustering提供的children_属性构建一棵树状图，但是目前没有成功。我不能使用scipy.cluster，因为scipy中提供的凝聚聚类缺少对我来说很重要的一些选项（如指定聚类数量的选项）。如果有任何建议，我会非常感激。 import s...
如何在Scipy/Matplotlib中绘制和注释层次聚类树状图
我正在使用来自scipy的dendrogram，使用matplotlib绘制层次聚类图，如下所示：mat = array([[1, 0.5, 0.9], [0.5, 1, -0.5], [0.9, -0.5, 1]]) plt.subplot...
Scikit-learn凝聚聚类链接矩阵
我正在尝试绘制一个完全链接的 scipy.cluster.hierarchy.dendrogram，并发现scipy.cluster.hierarchy.linkage比sklearn.AgglomerativeClustering慢。 然而，sklearn.AgglomerativeClu...
从seaborn clustermap中提取聚类
我正在使用seaborn clustermap创建聚类图表，视觉效果很好（此示例生成非常相似的结果）。 但是，我无法找出如何编程提取这些聚类。例如，在示例链接中，我该如何找到1-1 rh、1-1 lh、5-1 rh和5-1 lh形成了一个好的聚类？在视觉上很容易，但我试图使用查看数据和树状图...
如何从目录树中构建谱系图？
给定一个根绝对目录路径，如何生成该路径下所有子路径的树状图对象，以便使用R可视化目录树？ 假设以下调用返回了以下叶节点。 list.files(path, full.names = TRUE, recursive = TRUE)root/a/some/file.R root/a/anoth...
我该如何制作类似这样的图表？
我遇到了一种绘制给定时间序列数据的分层聚类图的情况。有人可以告诉我如何画这样的图吗？ 我可以使用R或Javascript来实现，特别是使用d3.js。
如何使用大型数据集绘制树状图？
我正在使用R中的ape（系统发育和演化分析）软件包，其中包含绘制树状图的功能。我使用以下命令以Newick格式读取数据，并使用plot函数绘制树状图：library("ape") gcPhylo <-read.tree(file = "gc.tree") plot(gcPhylo, sh...