如何在R中比较两个谱系图之间的“相似性”？
我有两个树状图，希望将它们相互比较，以找出它们的“相似程度”。但我不知道如何做到这一点（更别说在R中实现它的代码了）。 有任何线索吗？ 更新（2014-09-13）： 自从提出这个问题后，我编写了一个名为dendextend的R包，用于可视化、操作和比较树状图。该软件包在CRAN上，并附...
树形、聚类、径向树形和径向聚类布局之间的平滑过渡
为了一个项目，我需要交互式地更改可视化的分层数据布局——丝毫不改变底层数据。可以在树形、簇形、径向树形和径向簇形布局之间切换。过渡最好是动画。 我认为可以用 D3 完成这个相对容易的任务。我开始尝试，但我迷失在旋转、数据绑定和类似的操作中，所以我请求你的帮助。而且，可能我做的不符合D3的精神...
在R中制作带有标签的水平树状图
我希望通过hclust函数的输出绘制一棵谱系树。我希望这个谱系树是水平排列而不是默认的垂直排列，可以通过以下方式实现（例如）：require(graphics) hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") plot(hc) 我尝试使用as.dendrogra...
如何调整 matplotlib 中树状图的分支长度（类似于 astrodendro）？[Python]
下面是我的绘图，但我希望它看起来像astrodendro中的截断树状图，例如这个： 还有一种非常酷的树状图来自这篇文章，我想在matplotlib中重新创建。 以下是生成带有噪声变量的iris数据集并在matplotlib中绘制树状图的代码。 是否有人知道如何：(1) 截断分支，...
Python中用于自定义SciPy树形图聚类颜色的群集（link_color_func？）
我想使用一个以字典形式表示的颜色映射（即{leaf: color}）来为我的聚类结果着色。 我尝试按照https://joernhees.de/blog/2015/08/26/scipy-hierarchical-clustering-and-dendrogram-tutorial/的教程进...
d3.js - 如何在径向树状图中自动计算弧长
我正在创建一个修改过的Mike Bostock分层边捆绑图： http://mbostock.github.com/d3/talk/20111116/bundle.html 但是我想制作跨越某些数据组的弧形，就像这样： 我目前只是硬编码了弧线的长度，但我想动态地进行操作。我该如何实现...
标签和颜色叶子图谱
我正在尝试创建一棵系统树，其中我的样本具有5个组代码（充当样本名称/物种等，但重复出现）。 因此，我有两个问题需要帮助： 如何在叶标签中显示组代码（而不是样本编号）？ 我希望为每个代码组分配颜色，并将叶标签按其颜色着色（可能会发生它们不在同一类群中，从而我可以找到更多信息）。 是否...
将一个data.frame转换为树状结构对象，例如树状图。
我有一个data.frame对象。举个简单的例子： > data.frame(x=c('A','A','B','B','B'), y=c('Ab','Ac','Ba', 'Ba','Bd'), z=c('Abb','Acc','Bad', 'Bae','Bdd')) x y ...
在Scipy中绘制大型数据集的树状图错误
我正在使用Scipy进行分层聚类。我成功地使用fcluster在一个阈值上获得了平面簇，但我需要可视化形成的树状图。当我使用dendrogram方法时，对于5-6k个用户向量它能正常工作。但我的数据集包含16k个用户向量。当我为16k个用户运行它时，dendrogram函数会抛出以下错误：Fi...
如何在R中手动创建一个树状图对象（或“hclust”）？
我手头有一张树状图的图片，由于它不是很大，因此我可以手工将其构建成一个R对象。 那么我的问题是，当我只有树状图像素时，如何手动生成一个树状图（或"hclust"）对象？ 我看到了一个名为"as.dendrogram"的函数，但我找不到如何使用它的示例。 （附言：此帖子是在遵循我在这里的问...