理解DynamicTreeCut算法以切割树状图
树状图是一种与层次聚类算法一起使用的数据结构，将不同“高度”的群集分组到树的不同分支中 - 高度对应于群集之间的距离度量。 在从某个输入数据集创建树状图之后，通常需要进一步解决如何“切割”树状图的问题，即选择一个高度，使得只有低于该高度的群集被认为是有意义的。 并不总是清楚在什么高度上切割...
d3中带有肘连接的树形图/树状图
我对d3.js（以及SVG）非常陌生，想做一些简单的事情：用倾斜的连接器绘制树/树状图。 我利用了这里的d3示例：http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html 并希望将它更像这里的protovis示例： http://mbostock.git...
Python中的树状图
我想编写Python代码来绘制一棵树状图，有简单的方法吗？ 我已经编写了代码来识别点数据集中的聚类，并希望生成一个树状图，显示每次迭代产生的聚类数量。 例如，当我在这个数据集上运行我的代码时，第一次迭代得到1个聚类，第二次迭代得到2个聚类。 因此，我想制作一个显示这种情况的图表，但不知道...
使用Python手动绘制树状图
我已经实现了一个算法来解决图中聚类问题。我使用Python库“python-graph”来表示图形。现在，在我的计算的每个步骤（算法是迭代的）中，我必须绘制树状图的一部分。事实上，该算法是分裂的，从原始图计算出聚类。现在，我不知道用什么来绘制树状图（有人建议使用PIL，但我正在寻找一些简单易用...
在R中对决树状图（将树状图背靠背地放置在一起）
有没有一种相对简单的方式在R中将两个树状图“背靠背”放置？这两个树状图包含相同的对象，但聚类方式略有不同。我需要强调树状图的差异。因此，类似于soilDB软件包所做的那样，但可能较少涉及和土壤科学相关的内容？ 如果能够将树状图排成一行，最大限度地增加对象之间的直线数量（请参见上图），那将是非...
距离矩阵生成树图或其他图表
我有三个矩阵需要比较，每个矩阵都是5x6的。我原本想使用分层聚类对这些矩阵进行聚类，以便在相似度达到一定阈值时将最相似的矩阵分组。 但是我在Python中找不到任何这样的函数，因此我手动实现了距离度量，使用的是p=2的p-范数，详情请参见此处。现在我有一个3x3的距离矩阵（我认为在这种情况下...
层级边捆绑：添加父组标签
我对HTML和JavaScript还不是很熟悉。我遇到了D3.js图形库中的著名Hierarchical Edge Bundling问题，可以在这里找到解决方案。 我的目标是添加一个半圆形标签区域，以便获得类似于这样的效果：每个终节点组都带有其父节点的名称。 不幸的是，我尚未找到任何可供...
如何在树状图上删除标签？
我该如何删除这个图表中的所有标签？或者，更好的方法是，如何让它更易读？ 我使用以下命令创建了它： plot(hclust(distance), main="Dissimilarity = 1 - Correlation", xlab= NA, sub=NA) 我已经多次阅读过，实际上 ...
从物种列表制作简单的系统发生树（树状图）
我希望能为一个海洋生物学课程制作一个简单的系统发育树，作为一个教育案例。我有一个物种列表，其中包括分类级别: Group <- c("Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Zooplankton"...
如何使用Python中的Scipy对树状图中的链接染色？
我可以在Python的树状图中给标签涂色，但我不知道如何给属于标签的链接的部分涂色。我想做类似下面这样的事情： 这在Python中可行吗？ 这里我只给标签着色： import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import scipy...