如何在R中比较两个谱系图之间的“相似性”？
我有两个树状图，希望将它们相互比较，以找出它们的“相似程度”。但我不知道如何做到这一点（更别说在R中实现它的代码了）。 有任何线索吗？ 更新（2014-09-13）： 自从提出这个问题后，我编写了一个名为dendextend的R包，用于可视化、操作和比较树状图。该软件包在CRAN上，并附...
使用ggplot2为Dendogram上的聚类着色
Didzis Elferts展示了如何使用ggplot2和ggdendro绘制树状图： 在R中带标签的水平树状图 以下是代码：labs = paste("sta_",1:50,sep="") #new labels rownames(USArrests)<-labs #set new...
标签和颜色叶子图谱
我正在尝试创建一棵系统树，其中我的样本具有5个组代码（充当样本名称/物种等，但重复出现）。 因此，我有两个问题需要帮助： 如何在叶标签中显示组代码（而不是样本编号）？ 我希望为每个代码组分配颜色，并将叶标签按其颜色着色（可能会发生它们不在同一类群中，从而我可以找到更多信息）。 是否...
从R中的剪切树状图（即用于树状图的cutree函数）中提取标签成员身份/分类。
我试图从在R中切割（cut）到一定高度的树状图中提取分类信息。对于hclust对象，可以使用cutree轻松完成此操作，但我无法弄清如何在dendrogram对象上执行此操作。 此外，我不能仅使用原始hclust的聚类，因为（令人沮丧的是），cutree的类编号与cut的类编号不同。hc &...
如何创建带有彩色分支的系统树图？
我想在R中创建一个具有彩色分支的系统树图（dendrogram），就像下面展示的那个一样。 到目前为止，我使用以下命令创建了一个标准的系统树图：d <- dist(as.matrix(data[,29])) # find distance matrix hc <- hcl...
从dendextend::circlize_dendrogram()的输出中提取聚类颜色
我正在尝试提取 circlize_dendrogram 聚类中使用的颜色。以下是样例代码： library(magrittr) library(dendextend) cols <- c("#009000", "#FF033E", "#CB410B", "#3B444B", "#00...
在R中使用dendextend绘制交错树图子图
我正在使用 dendextend 在 R 中绘制 Tanglegrams。我想知道是否可以使用 par(mfrow = c(2,2)) 绘制多个子图？ 我似乎无法解决这个问题。 谢谢。library(dendextend) dend15 <- c(1:5) %>% dist %...
在R中绘制水平树状图时，为聚类结果添加矩形框并裁剪树枝。
我正在尝试使用R绘制层次聚类的结果作为树状图，并用矩形标识聚类。以下代码可以绘制垂直树状图，但对于水平树状图（horiz=TRUE），矩形不会被绘制。是否有办法也可以在水平树状图中绘制矩形呢？ library("cluster") dst <- daisy(iris, metric =...
如何在R中更改树形图标签
我在R中有一个树状图。它基于使用hclust进行的分层聚类。我正在使用不同的颜色着色不同的标签，但是当我尝试更改我的树状图的标签（为集群所基于的数据框的行）时，使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)，标签...