我该如何将由scipy生成的树状图保存为Newick格式？

我使用了R的hclust()、as.dendrogram()和plot.dendrogram()函数来生成this dendrogram。 我使用了dendrapply()函数和一个本地函数来给叶子着色，目前效果良好。 我有一些统计测试的结果，可以表明一组节点（例如树的右下角的“_+v\_...

我正在尝试使用R绘制层次聚类的结果作为树状图，并用矩形标识聚类。以下代码可以绘制垂直树状图，但对于水平树状图（horiz=TRUE），矩形不会被绘制。是否有办法也可以在水平树状图中绘制矩形呢？ library("cluster") dst <- daisy(iris, metric =...

我有一个向量列表，是通过运行以下命令创建的： import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] 这里的document_list是我...

我在R中有一个树状图。它基于使用hclust进行的分层聚类。我正在使用不同的颜色着色不同的标签，但是当我尝试更改我的树状图的标签（为集群所基于的数据框的行）时，使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)，标签...

这是我第一次使用Python从字典格式的分层数据中进行可视化。数据的最后一部分如下： d = {^2820: [^391, ^1024], ^2821: [^759, 'w', ^118, ^51], ^2822: [^291, 'o'], ^2823: [^25, ^64], ^2824:...

我正在尝试将以下资源适应到这个问题中: Python坐标转换 https://matplotlib.org/gallery/pie_and_polar_charts/polar_scatter.html 我似乎无法将树状图的坐标转换为极坐标。 有人知道如何做到这一点吗？我知道在netwo...

有没有一种方法可以在 R 的 corrplot 相关矩阵图上添加一棵树状图？

在Scipy中，是否可以为树状图的叶标签分配颜色？我无法从文档中弄清楚。以下是我迄今为止尝试过的： from scipy.spatial.distance import pdist, squareform from scipy.cluster.hierarchy import linkage...

我使用以下的 R 代码生成一颗树状图（请参见附图），并且基于 TraMineR 序列添加标签： library(TraMineR) library(cluster) clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward...