使用snakemake打印简化的DAG图
我有一个长的snakemake工作流程，处理着9个样本，其中有很多并行规则。当我使用以下命令为DAG创建图片：snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf 产生的有向无环图很大而且非常冗余（由于复杂节点放置而难看）。 是否可能生成一个...
Snakemake中基准变量的含义
我在snakemake工作流的一些规则中加入了benchmark指令，生成的文件具有以下标题： s h:m:s max_rss max_vms max_uss max_pss io_in io_out mean_load 我找到的唯一文档提到了一个“基准测试txt文件（其中...
蛇妈能否在文件丢失时强制重新运行规则？
当管道中早期创建的文件被删除时，SnakeMake似乎并不认为这是一个问题，只要后面的文件存在：rule All: input: "testC1.txt", "testC2.txt" rule A: input: "{X}{Y}.txt" output: "{X}A{...
Snakemake中当前规则的名称
我正在使用Snakemake工作，但我找不到访问当前规则名称的方法。 例如，是否有一种像这样的访问方式：rule job1: input: check_inputs(rules.current.name) output: ... 当check_inputs函数在每个规则中更多...
使用循环中的规则执行Snakemake
我想将Snakemake规则放在一个循环中以便规则可以将前一次迭代的输出作为输入。这个是否可能，如果是，如何实现？ 下面是我的示例： 设置测试数据 mkdir -p test echo "SampleA" > test/SampleA.txt echo "SampleB" &g...
如何在Snakemake中仅运行一个规则。
我在Snakemake中创建了一个工作流程，当我想要运行单个规则时遇到了问题。实际上，它为我运行那些输出是该规则输入的规则，即使这些规则已经在之前创建过了。 例如： rule A: input A output A rule b: input b = output A outpu...
什么是snakemake元数据文件？什么情况下可以删除这些文件？
我注意到我的备份rsync脚本花费了相当多的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制随机命名的内容。 这些文件有什么用途？ 在snakemake运行完成后，我可以安全地删除它们吗？或者它们对于snakemake正确执行下一个运行是必要的？ 更普遍地说，在.snakemak...
Snakemake - 在一个规则中从多个输入文件中仅输出一个文件
我第一次使用snakemake来构建一个基本的pipeline，使用cutadapt、bwa和GATK（修剪；比对；调用）。我想在目录中运行此pipeline以处理每个fastq文件，而不必在snakefile或config文件中指定它们的名称或其他信息。我希望能够成功地做到这一点。 前两个...