如何在Snakemake中仅运行一个规则。

Question

我在Snakemake中创建了一个工作流程，当我想要运行单个规则时遇到了问题。实际上，它为我运行那些输出是该规则输入的规则，即使这些规则已经在之前创建过了。

例如：

rule A:
 input A
 output A

rule b:
 input b = output A
 output b

rule c:
 input c = output b
 output c

我该如何只运行规则 C？

- BioManil

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你用什么命令来运行snakemake？最好能给我们展示一个真实的例子，而不是伪代码，因为代码可能存在问题。 - Manavalan Gajapathy

默认情况下，snakemake 仅运行工作流程的第一个规则。如果其输入不可用，则会查找其他规则以生成它们。 - rioualen

如果没有更具体的例子，我无法提供实质性的帮助，但你可以尝试使用--until 参数进行实验。在snakemake的帮助文档中，--until TARGET [TARGET ...], -U TARGET [TARGET ...] 可以运行管线直到达到指定的规则或文件。仅运行指定规则或文件依赖的作业，不运行同级DAGs（有向无环图）。 - Russ Hyde

@JeeYem snakemake -p my_rule --config run-date=22_01_2019。my_rule作为输入使用了前一个规则(x)的输出，但在我的情况下，这个输出已经生成，当我想运行my_rule时，它会从规则(x)开始。 - BioManil

@rioualen 这是我的问题，对我来说输入是可用的，所以我不理解。 - BioManil

代码似乎有问题。看到实际的代码会更有帮助。 - Manavalan Gajapathy

Answer 1

您可以使用 --allowed-rules 选项。

snakemake --allowed-rules c

Snakemake会尝试重新运行与您下游规则相关联的输入/输出链中的上游规则，如果上游规则的输出文件已更改（包括如果它们已被重新创建但内容没有更改）。这种行为使Snakemake具有可重复性，但如果您正在尝试调试管道的特定部分并且不想运行所有中间步骤，则可能不是理想的。

请参见此讨论： https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/688/execute-specified-rule-only-and-not

- vantom

Answer 2

如果存在依赖关系，我发现只有使用--until才能运行规则C，只需运行snakemake -R --until c即可。 如果存在假设的依赖关系，例如共享的输入或输出路径，则会强制您在不使用--until的情况下运行上游规则。始终先以-n进行干运行。

- jimh

Answer 3

你只需要运行：

snakemake -R b

要预先查看这将会做什么：

snakemake -R b -n

-R 选中一个规则（以及它所依赖的所有规则！），-n 进行“干运行”，只会输出不执行。

- Freek

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有没有一种方法可以运行某个规则而不运行依赖的规则？例如，如果我在snakemake之外生成输入文件，那么我能否运行以这些文件作为输入的特定规则？ - helicase

我正在使用snakemake 5.16.0，但似乎没有-R参数。 - Phoenix Mu

这对我没用。我发现--until更好用。 - Dan Bolser

--forcerun, -R：强制重新执行或创建给定的规则或文件。如果您更改了某个规则并希望所有输出在工作流中得到更新，请使用此选项。(Snakemake文档) - Muhammed Hasan Celik

Answer 4

我认为 "--force" = "-f" 是这里所要求的：

snakemake --force c
snakemake -f c

--force, -f 强制执行所选目标或第一个规则，而不考虑已创建的输出。(默认值：False)
--forceall, -F 强制执行所选（或第一个）规则及其依赖的所有规则，而不考虑已创建的输出。(默认值：False)
--forcerun [TARGET ...], -R [TARGET ...] 强制重新执行或创建给定的规则或文件。如果您更改了规则并希望更新工作流中所有输出，请使用此选项。(默认值：None)

- jannik3141