能否在snakemake的config.yaml文件中使用通配符定义参数？我使用一个通用的R脚本制作基本热图，但使用不同的输入矩阵。我想为每个热图从我的config.yaml文件中使用通配符指定热图的配置（例如K-means聚类的数量）。 例如： rule heatmap: in...

我刚接触Snakemake，想写一个非常简单的Snakefile文件来处理每个输入文件并将其分别输出为一个输出文件，但是我的通配符没有被正确解释。 我在Ubuntu 18.04上设置了一个最小、可重现的示例环境，其中包括输入文件"test/test1.txt"、"test/test2.txt...

我使用的是snakemake v 5.4.0，并且在temp()方面遇到了问题。在一个假设的场景中： Rule A --> Rule B1 --> Rule C1 | --> Rule B2 --> Rule C2 where Rule A ...

我正试图为Snakemake工作流创建符号链接-目录结构来别名化输出目录。 让我们考虑以下示例： 很久以前，在一个遥远的星系中，有人想要找到宇宙中最好的冰淇淋口味，并进行了一项调查。我们的示例工作流旨在通过目录结构表示投票结果。这项调查是用英语进行的（因为那个外星球上所有人都说英语），但非...