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如何从 Dockerfile 构建 Singularity 容器。

我想从 Dockerfile 构建 Singularity 容器。 我已经使用 Singularity 从 Docker Hub 拉取并运行了 Docker 镜像。singularity pull docker://ubuntu:latest 我还从Singularity配方文件中构建了该镜...

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在Singularity容器中将一个conda环境装箱

我遇到了几种情况,如果将conda环境容器化可以很好地实现长期再现性。由于我通常在高性能计算系统上运行,出于安全原因,它们需要使用Singularity容器。如何完成这项任务?

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在Singularity中运行Docker镜像时绑定端口

我目前正在开发一个分布式图处理平台,它在Docker容器内部维护了一个Akka集群,并最近获得了访问大型集群的权限来进行测试。不幸的是,这个集群不运行Docker,只支持Singularity。 这一开始似乎并不是问题,因为Singularity支持Docker镜像,但由于Akka集群的特性...

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有没有“多用户”Docker模式,例如用于科学集群?

我希望使用Docker来隔离科学应用程序,以在HPC Unix集群中使用。科学软件常常具有奇特的依赖关系,因此使用Docker进行隔离似乎是一个好主意。这些程序将作为作业而不是服务运行。 我想让多个用户使用Docker,并且这些用户应该相互隔离。这是否可能? 我进行了本地Docker安装,...

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将Docker的tar文件转换为Singularity镜像?

我是一个新手,对Docker和Singularity都不太熟悉。最近我创建了规范的main.c。 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> int main(void){ printf("Hello Docker Worl...

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Singularity 等同于 "docker image list"。

是否有类似于docker image list的奇点? Singularity 3.8文档指出: 所有缓存条目都使用内容哈希命名 这在检查相同的层/镜像时是有意义的,但没有任何语义意义。与docker的docker image list相比,后者列出了具有语义化名称(例如ubuntu、...

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awk命令在使用snakemake --use-singularity时失败

我正在尝试将Snakemake与Singularity结合使用,发现在使用Singularity时,简单的awk命令不再起作用。最后一行中的$1被bash替换,而不是被awk用作第一个字段。 这里是一个最小工作示例(Snakefile): singularity: "docker://de...