如何优雅地防止snakemake因shell/R错误而失败？
我希望能够让我的snakemake工作流即使某些规则失败也能继续运行。 例如，我正在使用多种工具来执行ChIP-seq数据的峰值调用。然而，某些程序在无法识别峰值时会发出错误。在这种情况下，我更愿意创建一个空输出文件，而不是让snakemake失败（如一些峰值调用程序已经做到的那样）。 是...
Snakemake中基准变量的含义
我在snakemake工作流的一些规则中加入了benchmark指令，生成的文件具有以下标题： s h:m:s max_rss max_vms max_uss max_pss io_in io_out mean_load 我找到的唯一文档提到了一个“基准测试txt文件（其中...
snakemake中的temp()导致规则不必要地重新运行
我使用的是snakemake v 5.4.0，并且在temp()方面遇到了问题。在一个假设的场景中： Rule A --> Rule B1 --> Rule C1 | --> Rule B2 --> Rule C2 where Rule A ...
使用循环中的规则执行Snakemake
我想将Snakemake规则放在一个循环中以便规则可以将前一次迭代的输出作为输入。这个是否可能，如果是，如何实现？ 下面是我的示例： 设置测试数据 mkdir -p test echo "SampleA" > test/SampleA.txt echo "SampleB" &g...
使用snakemake打印简化的DAG图
我有一个长的snakemake工作流程，处理着9个样本，其中有很多并行规则。当我使用以下命令为DAG创建图片：snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf 产生的有向无环图很大而且非常冗余（由于复杂节点放置而难看）。 是否可能生成一个...
Snakemake希望运行作业，尽管输出文件已经存在。
我有一个工作流，首先从公共数据库下载文件，然后在后续步骤中处理这些文件，创建了几个聚合数据表。 我正在没有互联网连接的机器上测试该工作流。我在另一台机器上运行了预备数据下载步骤，并将它们复制到此机器上，现在我正在尝试运行其余的工作流。当我运行snakemake -np时，它报告所有数据下载作...
在snakemake中按照规则限制作业数量
在Snakemake中，是否可以限制特定规则运行的作业数量？--jobs可以全局控制允许同时运行的作业数量，但我想限制特定规则的数量。 原因是我有一个特定规则，最多可以并行使用两个作业。然而，如果我将--jobs设置为20，则会导致该规则中的工具崩溃。我在LSF集群中使用Snakemake ...
awk命令在使用snakemake --use-singularity时失败
我正在尝试将Snakemake与Singularity结合使用，发现在使用Singularity时，简单的awk命令不再起作用。最后一行中的$1被bash替换，而不是被awk用作第一个字段。 这里是一个最小工作示例（Snakefile）： singularity: "docker://de...
防止snakemake创建输出目录
有没有办法防止snakemake为尚不存在的输出目录创建一个目录？ 来自MEME套件的fimo令人讨厌地在运行结束时失败，如果目录已经存在。 我的解决方法是给fimo一个与我在输出中指定的不同的目录，但想知道是否有更直接/优雅的解决方法。 例如： rule generate_s...