我有一个长的snakemake工作流程，处理着9个样本，其中有很多并行规则。当我使用以下命令为DAG创建图片：
snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf
产生的有向无环图很大而且非常冗余（由于复杂节点放置而难看）。
是否可能生成一个规范的有向无环图，只显示所有步骤的主路径而不是每个任务的9个节点？
我想简化我的样本列表为一个样本，但希望有更好的方法，而不用改变Snakefile（秘密参数？）
谢谢
1个回答
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使用标志--rulegraph代替--dag。
- The Unfun Cat
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1我在我的snakemake阅读中从未遇到过这种情况（显然还不够充分）。谢谢。 - splaisan
是否可以将DAG图的方向设置为水平方向，即从左到右而不是从上到下？这可能有助于减少DAG图的复杂性（混乱）。 - user3521099
根据我的经验，有向无环图的宽度会变得非常巨大且难以管理。 - user3521099
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