Snakemake中当前规则的名称

Question

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我正在使用Snakemake工作，但我找不到访问当前规则名称的方法。

例如，是否有一种像这样的访问方式：

rule job1:
    input: check_inputs(rules.current.name)
    output: ...

当check_inputs函数在每个规则中更多或更少相同时，这非常有帮助。

当然，我做过这个并且它有效：

rule job1:
    input: check_inputs("job1")
    output: ...

不过，我在想是否存在更加“Snakemaker way”获取当前规则名称的方法，以避免每次编写/硬编码规则名称。

任何形式的帮助或建议都将不胜感激。

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当Snakemake解析input和output语句时，规则名称仅可通过{rules.myrule.name}进行访问。因此，在input/output定义中无法使用{rules.myrule.name}。

这个想法是快速访问当前规则的名称，例如{rules.current}，因为{rules.myrule.name}也很重复。

- glihm

2个回答

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我认为rule.name应该可以工作，但实际上只有rule可以使用，不过它不能在所有情况下使用：请参见https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/199/rule-name-cant-be-accessed-by-rule-in 安德烈亚斯

- Andreas

谢谢您的答复。不，它还没有生效。当输入和输出被snakemake解析时，rule.name会被定义。我已经检查了Rules对象（其中包含所有规则及其属性），发现仅在输出定义后才出现。但是感谢您提供的问题链接，我将为此创建一个新问题。除非有其他人找到了这个问题的解决办法。 - glihm

刚好遇到了这个问题。在运行/ shell块之前仍然无法访问规则名称。现在在Github上有一个跟踪它的问题：https://github.com/snakemake/snakemake/issues/156 - mrhd

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- gutorm · Accepted Answer

（编辑：提出一种解决方法）

{rule}可以在 shell:/run: 指令中用于规则名称。正如 op 所述，在 input/output: 中无法使用此方法。不过，当前的模板是一种替代方法。

myrule = "foo"
rule foo:
    output: touch(myrule + ".ok")
    shell:
        'echo "I am {rule}, making {output}"'

在上面的例子中，引入变量myrule是不必要的，因为它只使用了一次。但是当您想在各种snakemake指令中多次使用规则名称时，这样做更有意义。此外，它还方便了规则模板化。