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合并hdf5文件

我有许多hdf5文件,每个文件都有一个单独的数据集。这些数据集太大了,无法保存在RAM中。 我想将这些文件合并成一个文件,其中包含所有单独的数据集(即不是将数据集连接成一个数据集)。 一种方法是创建一个hdf5文件,然后逐个复制数据集。 这将是缓冲复制,因此速度较慢且复杂。 有没有更简单的...

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将大型csv文件转换为hdf5格式

我有一个100M行的csv文件(实际上是许多单独的csv文件),总共84GB。我需要将其转换为一个带有单个浮点数据集的HDF5文件。在测试中,我使用了h5py而没有遇到任何问题,但现在我无法完成最终数据集,因为内存不足。 如何在不必将整个数据集存储在内存中的情况下写入HDF5?我希望看到实际...

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在Ubuntu上安装HDF5和PyTables

我正在尝试在Ubuntu 14.04上安装tables包,但似乎有问题。 我正在使用PyCharm及其软件包安装程序进行安装,但似乎抱怨HDF5软件包。 然而,似乎我找不到任何要在tables之前安装的hdf5软件包。 有人能解释一下需要遵循的步骤吗?

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使用Python将字符串列表存储到HDF5数据集

我想把一个可变长度的字符串列表存储到HDF5数据集中。代码如下:import h5py h5File=h5py.File('xxx.h5','w') strList=['asas','asas','asas'] h5File.create_dataset('xxx',(len(strLis...

29得票4回答
使用h5py删除hdf5数据集

有没有办法从一个hdf5文件中删除数据集,最好使用h5py?或者,是否有可能在保持其他数据集完整的情况下覆盖一个数据集? 据我了解,h5py可以以5种模式读/写hdf5文件。f = h5py.File("filename.hdf5",'mode') 模式可以是r表示读取,r + 表示读取/写...

28得票1回答
Pandas无法读取由h5py创建的hdf5文件。

当我尝试读取我用h5py创建的HDF5格式文件时,我遇到了pandas错误。我想知道是否只是我的操作有误?import h5py import numpy as np import pandas as pd h5_file = h5py.File('test.h5', 'w') h5_file...

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与HDF5或netCDF相比,使用.Rdata文件的缺点是什么?

我被要求更改一款软件,该软件目前导出的是 .Rdata 文件,现在需要导出一个“平台无关二进制格式”,例如HDF5或netCDF。给出了两个原因: .Rdata 文件只能被 R 读取 根据操作系统或架构不同,二进制信息的存储方式也会不同 我还发现,“R数据导入导出手册”没有讨论 .Rd...

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MATLAB:.mat 版本之间的区别

官方文档中指出: 。 但是我注意到,除了上表中所述的差异之外,还有其他重要的差异。 例如,将大约有6,000个元素且占用176 MB内存的cell数组保存在MATLAB中,根据我使用-v7或-v7.3而不同,会得到以下结果: 使用-v7: 文件大小为15 MB,save和load速度快...

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Python,PyTables,Java-将所有内容联系在一起

问题概述 如何使Python和Java相互配合以实现最佳效果? 详细解释 我面临一个比较复杂的情况,我会尽力通过图片和文字来解释。当前系统架构如下: 我们有一个基于代理模型的Java编写的模拟程序,可以选择将结果写入本地CSV文件或连接到Java服务器并写入HDF5文件。每次运行模拟产生...

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如何使用H5PY将HDF5文件导出为NumPy格式?

我有一个包含三个数组的现有hdf5文件,我想使用h5py提取其中一个数组。