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NetCDF和HDF5哪个更适合存储科学数据?

有没有熟练使用 NetCDF 和 HDF5 存储科学数据的经验者,能够对它们进行一些优缺点的比较? 我使用过 HDF5 并希望通过 Java 进行读写,但是接口本质上是围绕 C 库的包装器,我发现这很令人困惑,因此 NetCDF 看起来很有趣,但我对它几乎一无所知。 编辑:我的应用程序“仅...

64得票5回答
在尝试缓存结果时出现了Joblib用户警告

使用joblib缓存结果时,我遇到以下UserWarning:import numpy from tempfile import mkdtemp cachedir = mkdtemp() from joblib import Memory memory = Memory(cachedir=ca...

52得票8回答
从扁平化的字典创建嵌套字典

我有一个扁平的字典,我想把它变成嵌套的形式flat = {'X_a_one': 10, 'X_a_two': 20, 'X_b_one': 10, 'X_b_two': 20, 'Y_a_one': 10, '...

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将netCDF文件导入Pandas数据框架

圣诞快乐! 我对Python和Pandas还很陌生,所以任何帮助都将不胜感激。 我试图读取一个netCDF文件,这是可以做到的,然后将其导入Pandas Dataframe。该netcDF文件是2D的,因此我只想“倾倒它”。 我尝试了DataFrame方法,但它无法识别对象。 可能我需要将ne...

29得票4回答
R:编写RasterStack并保留图层名称

我有一个由三个栅格图像组成的栅格堆叠stk,这是一个简单的示例:# set up a raster stack with three layers > library(raster) > r <- raster(nrows=10,ncols=10) > r[] <...

27得票4回答
与HDF5或netCDF相比,使用.Rdata文件的缺点是什么?

我被要求更改一款软件,该软件目前导出的是 .Rdata 文件,现在需要导出一个“平台无关二进制格式”,例如HDF5或netCDF。给出了两个原因: .Rdata 文件只能被 R 读取 根据操作系统或架构不同,二进制信息的存储方式也会不同 我还发现,“R数据导入导出手册”没有讨论 .Rd...

23得票2回答
如何在ggplot2中正确绘制投影网格数据?

多年来,我一直使用 ggplot2 绘制气候栅格数据。这些数据通常是投影的 NetCDF 文件。在模型坐标中,单元格是正方形的,但取决于模型使用的投影方式,在真实世界中可能并非如此。 我的常规做法是首先将数据重新映射到适当的规则网格上,然后再绘制。这会对数据进行小的修改,通常是可以接受的。 然...

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如何获取当前节点的父节点名称?

获取当前节点的父节点名称的正确语法是什么?我知道涉及 AxisName 父级,但是正确的语法是什么? 例如以下 XML 示例:<netcdf xmlns="http://www.unidata.ucar.edu/namespaces/netcdf/ncml-2.2" location="...

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在Python中加速读取非常大的netcdf文件

我使用Python中的netCDF4读取一个非常大的netCDF文件。由于该文件的维度(1200 x 720 x 1440)太大了,无法一次性将整个文件都存储在内存中。第1维表示时间,下一个2维分别表示纬度和经度。import netCDF4 nc_file = netCDF4.Datase...

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Python NetCDF:复制所有变量和属性,但留下一个。

I需要处理一个包含许多属性和变量的netcdf文件中的单个变量。我认为不可能更新netcdf文件(请参见问题如何在Scientific.IO.NetCDF.NetCDFFile中删除变量?)。 我的方法如下: 1.从原始文件获取要处理的变量 2.处理变量 3.将原始netcdf中除了处理过...