如何使用R ggplot更改x轴刻度标签名称、顺序和箱线图颜色？

Question

我有一个包含CSV文件的文件夹，每个文件都有两列数据，例如：

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

我正在使用以下R代码生成箱线图：

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

现在我想要改变箱线图的颜色，使其与相应的x轴标签颜色匹配。我还想改变x轴标签的名称和顺序。是否可以使用ggplot或qplot来实现这一点？

- user2639056

Answer 1

基于@shadow的回答，以下是您可以手动更改x轴标签的方法。我还加入了其他一些改变，有助于改善图形和图例的外观：

基于@shadow的回答，以下是手动更改x轴标签的方法。我还加入了一些其他修改，以帮助改进图表和图例的外观：

colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
                     name="Group") +
    scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
                     name="Group") +
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
    theme_bw()

在绘图的scale_x_discrete层中添加labels选项可以更改坐标轴标签。将labels添加到scale_fill_manual和scale_color_manual中都可以更改图例标签。将name添加到两者中都可以更改图例标题。最后，我向图表中添加了theme_bw()，以使背景为白色并在图表周围添加边框。希望这有所帮助！

- rmbaughman

---

我认为在 scale_fill_manual() 的 labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4") 后面需要加一个逗号。 - Justin Meyer

Answer 2

是的，您可以这样做。请按照以下方式使用scale_color_manual、scale_fill_manual和scale_x_discrete：

# specify colors and order 
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
  geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
  scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder) +
  scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                    limits=colorder, 
                    values=colorder) +
  scale_x_discrete(limits=colorder)   # order of x-axis

- shadow

---

这个方法可以正确地为箱线图分配正确的颜色并更改它们的顺序。但是，我还希望更改轴标签的名称（例如将“orange”更改为“hESC”），并且在图例中反映出来。 - user2639056

@user2639056 我已经在下面回答了你的问题。 - rmbaughman