使用ggplot在条形图上添加图例标签

Question

我想在ggplot的堆积条形图中添加集群名称。

如您所见，有些簇具有非常小的比例，并且每个条中有许多簇。这使得很难看出哪些是哪个簇，特别是在相似的颜色之间。 理想情况下，我希望能够选择性地用名称标注一些大比例（或簇），例如当百分比> 5％时，显示其簇名称。

例如，在示例“幼稚CD8 T”中，我想要标记簇4和5，如下所示：

cluster.count %>% 
  ggplot(aes(x=Cell_subtype,y=count1, fill= seurat_clusters)) +
  geom_bar(stat="identity", position = 'fill')

- Hh Xu

Answer 1

可以这样实现：

1. 不要使用 position="fill"，通过 group_by + mutate 手动计算百分比
2. 然后可以通过使用 geom_text 轻松添加标签，在其中使用 ifelse 仅显示具有所需最小频率或比例的标签。

尝试使用一些随机示例数据：

library(ggplot2)
library(dplyr)

set.seed(42)
cluster.count <- data.frame(
  Cell_subtype = sample(LETTERS[1:4], 60, replace = TRUE),
  seurat_clusters = sample(0:16, 60, replace = TRUE)
)
cluster.count <- count(cluster.count, Cell_subtype, seurat_clusters, name = "count1")
cluster.count <- mutate(cluster.count, seurat_clusters = factor(seurat_clusters))

cluster.count %>% 
  group_by(Cell_subtype) %>% 
  mutate(pct = count1 / sum(count1)) %>% 
  ggplot(aes(x=Cell_subtype,y=pct, fill= seurat_clusters)) +
  geom_col() +
  geom_text(aes(label = ifelse(pct > .1, as.character(seurat_clusters), "")), position = position_stack(vjust = .5))

- stefan

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图表上的标签和图例标签不匹配，差异是一个常数：1。例如，在样本“D”中，顶部聚类应该是0而不是1。 - Hh Xu

啊，抱歉。这是因为将您的变量seurat_clusters转换为因子（以获得离散比例尺并正确排序）引入了此问题。我刚刚进行了编辑以通过在geom_text中使用as.character(seurat_clusters)来解决这个问题。 - stefan

谢谢！这很有趣。你能解释一下为什么会发生这种情况吗？我原以为因子和字符串字符（或数字）之间的转换实际上不会改变其值... 我还尝试了 as.integer(seurat_clusters) -1，这样就可以工作了。 - Hh Xu

当转换为因子时，R会分配从1开始的新数值，而原始值存储在级别属性中，例如as.numeric(factor(0:5))将给出1:6。不幸的是，在ifelse中发生了这种情况，即因子被转换为数字，然后再转换为字符。因此我们得到+1。使用as.character可以解决这个问题，因为在这种情况下，值将被替换为存储在级别属性中的原始值，即as.character(factor(0:5))将给出0:5。 - stefan