调整igraph图的可视化呈现

Question

调整igraph图的可视化呈现

rvisualizationdata-visualizationigraphdiagram

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根据此处的讨论，我正在使用igraph来可视化两个变量(s和g)之间的关联。

在shell中：

$ cat file
s   g
s1  foo bar
s2  foo bar baz qux
s99 foo
s9999   foo bar baz qux
s99999  foo
s999999 foo

在 R 中：

m <- as.matrix(read.table(file="~/path_to_file/file", sep="\t", header=T))
g <- graph_from_edgelist(m)
V(g)$type <- bipartite.mapping(g)$type
coords <- layout_as_bipartite(g)
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=10,
    vertex.size2=1,
    vertex.color=NA,
    vertex.frame.color=NA,
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=3,
    asp=5)

然而，生成的可视化图形中顶点标签和边缘重叠，使得前者难以阅读。

我想调整R代码，使得所有顶点标签都远离顶点中心（即的顶点标签向左移动，g的顶点标签向右移动），并且所有顶点标签都是左对齐的（而不是居中对齐，默认情况下是居中对齐）。
我能通过igraph实现这个功能吗？如果可以，怎么做？如果不可能，你会建议使用哪种其他可视化策略在R中实现此目的？
--
编辑1：一个可行的解决方案应该能够处理包含大量顶点的文件，例如file2：
在shell中：
$ cat file2 s g foo1 bar01 baz qux foo2 bar1 baz qux foo3 bar1 baz qux foo4 bar1 baz qux foo5 bar1 baz qux foo6 bar1 baz qux foo7 bar1 baz qux foo8 bar1 baz qux foo9 bar1 baz qux foo10 bar1 baz qux foo11 bar02 baz foo12 bar2 baz foo13 bar2 baz foo14 bar2 baz foo15 bar2 baz foo16 bar2 baz foo17 bar2 baz foo18 bar2 baz foo19 bar2 baz foo20 bar2 baz foo21 bar03 baz baz qux foo22 bar3 baz baz qux foo23 bar3 baz baz qux foo24 bar3 baz baz qux foo25 bar3 baz baz qux foo26 bar3 baz baz qux foo27 bar3 baz baz qux foo28 bar3 baz baz qux foo29 bar3 baz baz qux foo30 bar3 baz baz qux foo31 bar04 baz baz qux quux foo32 bar4 baz baz qux quux foo33 bar4 baz baz qux quux foo34 bar4 baz baz qux quux foo35 bar4 baz baz qux quux foo36 bar4 baz baz qux quux foo37 bar4 baz baz qux quux foo38 bar4 baz baz qux quux foo39 bar4 baz baz qux quux foo40 bar4 baz baz qux quux foo41 bar05 baz qux quux foo42 bar5 baz qux quux foo43 bar5 baz qux quux foo44 bar5 baz qux quux foo45 bar5 baz qux quux foo46 bar5 baz qux quux foo47 bar5 baz qux quux foo48 bar5 baz qux quux foo49 bar5 baz qux quux foo50 bar5 baz qux quux foo51 bar06 baz qux foo52 bar6 baz qux foo53 bar6 baz qux foo54 bar6 baz qux foo55 bar6 baz qux foo56 bar6 baz qux foo57 bar6 baz qux foo58 bar6 baz qux foo59 bar6 baz qux foo60 bar6 baz qux foo61 bar07 baz qux quux foo62 bar7 baz qux quux foo63 bar7 baz qux quux foo64 bar7 baz qux quux foo65 bar7 baz qux quux foo66 bar7 baz qux quux foo67 bar7 baz qux quux foo68 bar7 baz qux quux foo69 bar7 baz qux quux foo70 bar7 baz qux quux

即使实施了G5W建议的改进（即针对每个顶点分别调整顶点宽度；参见变量Size1），生成的图仍然难以（或几乎不可能）可视化。具体而言，似乎不存在一个在纵横比、顶点高度和顶点宽度之间的最佳平衡点。
在R中：
Size1 = 12*nchar(V(g)$name) plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1], vertex.shape="rectangle", vertex.size=Size1, vertex.size2=5, vertex.color=NA, vertex.frame.color="green", vertex.label.color="black", vertex.label.family="sans", edge.label.color="white", edge.arrow.mode=0, edge.width=3, asp=2.5 )

- Michael Gruenstaeudl

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- G5W · Accepted Answer

这里最大的问题是你的顶点大小。通过将当前的绘图语句更改为vertex.frame.color="green"，你可以看到矩形顶点在文本下面只有一个小点。如果有一个包含文本的完整大小的顶点，你可以使用白色背景来遮挡文本所在的线条。当你改变顶点大小时，你可能也需要改变宽高比。

为了使这个工作更好，我根据名称中的文本数量使用不同大小的矩形。我展示了填充白色和白色框架的顶点结果，但请尝试使用绿色框架（在代码中但被注释掉）以便你可以看到盒子的位置。这些盒子是必要的，以遮挡到顶点中心的线条。

Size1 = 12*nchar(V(g)$name)
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=Size1,
    vertex.size2=30,
    vertex.color=NA,
    ## vertex.frame.color="green",
    vertex.frame.color="white",
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=3,
    asp=1.5)

编辑：根据修改后的问题

有了新的更大的示例，我认为你无法获得真正好的结果，因为你试图将太多内容挤在屏幕上。你试图在左侧显示70个节点，所以最多每个节点只能占屏幕的1/70 - 空间很小。下面，我减小了字体大小、行宽和边距。然后我重新调整了其他参数，尽可能地挤压屏幕空间。这只是勉强令人满意的，但我认为你不能再加入更多内容而不从根本上重新设计节点的布局。左列中已经没有更多的空间了。

新代码

Size1 = 5.5*nchar(V(g)$name)
par(mar=rep(0.5,4))
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=Size1,
    vertex.size2=5,
    vertex.color="white",
#    vertex.frame.color="green",
    vertex.frame.color="white",
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=1,
    asp=2.8,
    vertex.label.cex=0.55, 
    margin=-0.65
    )