在igraph中生成社区图

Question

我一直在寻找这个问题的答案，但是没有发现任何提及，所以我决定在这里发布。我正在尝试查看igraph或任何包是否提供了创建“社区图”的简单方法，其中每个节点表示网络中的一个社区，联系表示社区之间的联系。我能够让igraph中的社区检测算法正常工作，但是我找不到一种方法来折叠结果，以仅显示每个社区之间的联系。任何帮助将不胜感激。

- krishnab

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可以使用igraph完成，但您并没有提供任何可重现的内容。这是我在igraph上做的一篇博客文章(链接1)和(链接2)。是自我推广，但很合适 :) igraph的网站非常好，有许多示例。同样，我们可以通过一个示例数据集来进一步帮助您。 - Tyler Rinker

Answer 1

你可以直接使用contract.vertices()函数。该函数将一组顶点合并为单个顶点，与你想要的方式基本相同。例如，

library(igraph)

## create example graph
g1 <- graph.full(5)
V(g1)$name <- 1:5    
g2 <- graph.full(5)
V(g2)$name <- 6:10
g3 <- graph.ring(5)
V(g3)$name <- 11:15
g <- g1 %du% g2 %du% g3 + edge('1', '6') + edge('1', '11')

## Community structure
fc <- fastgreedy.community(g)

## Create community graph, edge weights are the number of edges
cg <- contract.vertices(g, membership(fc))
E(cg)$weight <- 1
cg2 <- simplify(cg, remove.loops=FALSE)

## Plot the community graph
plot(cg2, edge.label=E(cg2)$weight, margin=.5, layout=layout.circle)

- Gabor Csardi

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非常好的答案，谢谢！我在这里找到了contract.vertices的另一个用法示例。 - Tapper