在Windows上安装rpy2

Question

在Windows上安装rpy2

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我试图在运行Windows 10的机器上安装rpy2。我已经安装了R 3.4.4（64位），并且在RGui中正常工作。然后我尝试使用pip安装rpy2，但是遇到了一个错误，它无法找到R，所以我将c：\ Program Files \ R \ R-3.4.4 \ bin \添加到我的路径环境变量中。现在当我执行

pip install rpy2

我遇到了一个不同的错误：

命令 '('c:\PROGRA~1\R\R-34~1.4\bin\x64\R', 'CMD', 'config', '--ldflags')' 返回了非零的退出状态 1。

下面是完整的输出。你有什么想法我做错了什么吗？

pip install rpy2

Collecting rpy2
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/88/f7/788e5e1587bc1ab48b5b0467f9c3a08ef5aadbd993ed835559a10e452121/rpy2-2.9.3.tar.gz (193kB)
Complete output from command python setup.py egg_info:
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

'sh' is not recognized as an internal or external command,
operable program or batch file.
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
c:\PROGRA~1\R\R-34~1.4\bin\x64\R CMD config --ldflags
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\py\AppData\Local\Temp\pip-build-qz4rb_4o\rpy2\setup.py", line 374, in <module>
    ri_ext = getRinterface_ext()
  File "C:\Users\py\AppData\Local\Temp\pip-build-qz4rb_4o\rpy2\setup.py", line 269, in getRinterface_ext
    ldf = shlex.split(' '.join(rexec.cmd_config('--ldflags')))
  File "C:\Users\py\AppData\Local\Temp\pip-build-qz4rb_4o\rpy2\setup.py", line 222, in cmd_config
    universal_newlines = True)
  File "c:\users\py\miniconda3\lib\subprocess.py", line 626, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "c:\users\py\miniconda3\lib\subprocess.py", line 708, in run
    output=stdout, stderr=stderr)
subprocess.CalledProcessError: Command '('c:\\PROGRA~1\\R\\R-34~1.4\\bin\\x64\\R', 'CMD', 'config', '--ldflags')' returned non-zero exit status 1

----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in C:\Users\py\AppData\Local\Temp\pip-build-qz4rb_4o\rpy2\

- pyguy

当从cmd运行"c:\PROGRA~1\R\R-34~1.4\bin\x64\R" CMD config --ldflags时，会输出什么？此外，您的Python是64位的吗？ - CristiFati

如果我尝试从命令提示符中运行以下命令： "c:\PROGRA~~1\R\R-34~~1.4\bin\x64\R" CMD config --ldflags 则会显示以下错误信息：'sh' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。 - pyguy

我相信 Python 是 64 位的：platform.architecture() 返回 ('64bit', 'WindowsPE')，而 sys.maxsize 是 9223372036854775807。 - pyguy

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- CristiFati · Accepted Answer

输出包含错误：

'sh' 不被识别为内部或外部命令

但我认为它只是一个警告（因为它之后还有输出）。
sh（Shell）是特定于Nix的，自然不存在于Win上。但是，如果您安装了Win的端口，或者Nixenv仿真器（如Cygwin，MSYS2等），它可能会起作用。

~~这里是[ReadTheDocs.RPy2]: Installation的内容（其中有“在Linux上编译”和“在OS X上编译”的部分，但没有关于Win的内容，尽管它提到应该可以成功编译）~~：

目前没有为 Microsoft Windows 提供二进制文件或支持（主要是因为缺乏资源）。

Microsoft Windows 的非官方和不受支持的二进制文件由 Christoph Gohlke（http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs）提供；除此之外，目前几乎没有针对这个平台的支持。

更新#0

添加@pyguy在评论中提到的步骤，以成功安装RPy2：

从 [UCI.LFD]: Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages 下载 rpy2‑2.9.3‑cp35‑cp35m‑win_amd64.whl（或任何此后可能添加的更新版本）（对于32位系统（pc032），请下载*win32.whl）
在 .whl 下载的目录中以 管理员身份 打开 Cmd 窗口
设置 R_USER 环境变量 为当前用户名：
```
set R_USER=%USERNAME%
```
本地安装 .whl：
```
python -m pip install rpy2‑2.9.3‑cp35‑cp35m‑win_amd64.whl
```
Python 的（二进制）路径必须在 %PATH% 中，否则需要指定完整路径。
请查看 [SO]: Installing pygraphviz on Windows 10 64-bit, Python 3.6 (@CristiFati's answer)（快捷方式部分（接近结尾））或（参考）[SO]: How to install a package for a specific Python version on Windows 10? (@CristiFati's answer)了解有关自定义 .whl 安装的详细信息。