在Windows上安装rpy2时出现错误

Question

我正在尝试安装rpy2包，但是遇到以下错误：

C:\python27>easy_install rpy2

Searching for rpy2
Reading http://pypi.python.org/simple/rpy2/
Reading http://rpy.sourceforge.net
Best match: rpy2 2.3.3
Downloading http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.3.3.tar.gz#md5=6cd95eb70645577cb53198ef0a32395e
Processing rpy2-2.3.3.tar.gz
Running rpy2-2.3.3\setup.py -q bdist_egg --dist-dir c:\users\chetan~1\appdata\local\temp\easy_install-wfxip9\rpy2-2.3.3\egg-di
st-tmp-rrezfb
"C:\PROGRA~2\R\R-28~1.0\bin\R" CMD config --ldflags
Invalid substring

in string

C:\Python27\lib\site-packages\setuptools\command\easy_install.py:921: RuntimeWarning: tp_compare didn't return -1 or -2 for ex
ception
  raise DistutilsError("Setup script exited with %s" % (v.args[0],))
error: Setup script exited with Problem while running `"C:\PROGRA~2\R\R-28~1.0\bin\R" CMD config --ldflags`

当我尝试使用pip时，出现以下情况：

c:\Python27\Lib\site-packages\django\bin>pip install rpy2

下载/解压 rpy2 运行setup.py egg_info安装 rpy2

"C:\PROGRA~2\R\R-28~1.0\bin\R" CMD config --ldflags
Invalid substring

in string

Problem while running `"C:\PROGRA~2\R\R-28~1.0\bin\R" CMD config --ldflags`

- user2151600

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conda install rpy2 只在Windows系统上有效。 - Simd

Answer 1

我也花了几天的时间... 然后我偶然发现this thread，里面提供了一个链接: http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2 在这个页面上，你可以找到（除了其他有用的东西之外）为Windows和不同版本的Python编译的rpy2预编译版本。它显然只适用于R 2.15.3，我没有尝试过其他版本。

- Bertrand Moreau

Answer 2

这个错误

"C:\PROGRA~2\R\R-28~1.0\bin\R" CMD config --ldflags

可能是由于Windows中缺少类Unix工具引起的。（您也可能遇到了像下面这样的错误：

'sh' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。

我最终在Windows 7上通过安装Rtools和mingw编译器以及更改setup.py和unixccompiler.py文件来使其正常工作。请参见rpy2 install on windows 7。

此外，错误

%load_ext rmagic

RuntimeError("Unable to locate R.dll within %s" % RHOME)

是由于rpy2在代码中无法正确找到R.dll引起的。您可以将R_HOME环境变量添加为例如C:\Program Files\R\R-3.0.2的外部文件夹（有关详细信息，请参见链接）。

希望这可以帮助到您。

- Atesh

Answer 3

最近必须尝试从源代码构建此项目。获得了rpy2-2.2.2版本，以便我可以在Oracle Linux上与Python 2.6.6一起使用。

让这个工作的解决方案是在setup.py脚本中修复一些问题。

首先，允许get_rconfig()接受空字符串。如果有一种方法可以标记它，那对我来说并不明显：

    config = RConfig()
    for about in ('--ldflags', '--cppflags',
                  'LAPACK_LIBS', 'BLAS_LIBS'):
        #config += get_rconfig(r_home, about)
        config += get_rconfig(r_home, about, allow_empty = True)

其次，在 RConfig.from_string 中修复一个关于 dropthrough 的 bug，其中引用了一个不存在的变量：

            elif rconfig_m is None:
                if allow_empty:
                #if allow_empty and (rconfig == ''):
                    print(cmd + '\nreturned an empty string.\n')

这样可以解析R CMD配置循环，并处理空白情况（如果您的R构建不是作为共享库构建，则可能会遇到这种情况），然后我能够完成循环。

- Robert Casey

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我曾经在处理Python 2.6和rpy2时遇到过类似的问题。最终，我发现2.3.10似乎是与Python2.6兼容的最后一个rpy2版本。所以只需要执行 sudo pip install rpy2==2.3.10 即可解决问题。 - ChrisGuest

@Robert：感谢您的发布，但是为什么要检查 rconfig_m == ''，而前一个检查是 if rconfig_m is None？ - name_masked

很好的问题@name_masked。正如你所注意到的，我正在进行代码黑客攻击，可能是盲目地将rconfig替换为rconfig_m。你是正确的，一个空字符串并不等于None。请随意通过修复上面的帖子来获得一些编辑信用。 - Robert Casey