R，Python：在rpy2上安装软件包

Question

R，Python：在rpy2上安装软件包

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我正在使用通过rpy2库在我的Python脚本中使用R，我需要一个在R的默认安装中不存在的软件包。如何安装它？

install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")

不会起作用。

关于Python：

>>> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org") 
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'install' is not defined

还有从 R 中获取的数据:

> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
  package ‘DirichletReg’ is not available (for R version 2.14.1)

- Ricky Robinson

3个回答

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运行pytest时，Aaron的答案会导致我的Python挂起且R不断出现错误消息，可能是由于以下原因：

在选择镜像之前调用install_packages()将要求用户交互选择一个镜像。

根据rpy2文档，我使用了以下内容，它起作用：

from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages

utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
utils.install_packages("DirichletReg")
DirichletReg = rpackages.importr("DirichletReg")

- loikein

1

我认为这个条件是在R中已经安装了该软件包的情况下才能正常工作。 - LCheng

@LCheng 谢谢，我没有测试过在R中未安装软件包的情况。 - loikein

-4

这个怎么样？

>>> import rpy2.interactive as r
>>> r.importr("utils")
>>> package_name = "DirichletReg"
>>> r.packages.utils.install_packages(package_name)

- Ricardo Villamil

5

不再起作用。请参考Aaron的答案，该答案目前可行。 - wordsforthewise

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Russia Must Remove Putin · Accepted Answer

Ricardo的回答不再适用。

要从Python安装，我们可以使用utils.install_packages函数：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')

(那个utils包是R.utils包，它的pdf文档可以在这里找到：https://CRAN.R-project.org/package=R.utils - 或者，更直接地，在这里找到我们使用的更详细的install.packages函数文档：https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages。它在Python中被重命名为install_packages，因为.在R中是合法的名称的一部分，但在Python中不是。)

接下来，你需要决定从哪个仓库获取这个包。

当调用utils.install_packages时，你可以使用repos参数声明仓库：

utils.install_packages('DirichletReg', repos="https://cloud.r-project.org")

或者，在调用 utils.install_packages 之前设置镜像：

utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

或者

utils.chooseBioCmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

否则 Python/R 将尝试启动交互镜像选择器（可能与您的设置不兼容）。

然后，对于单个软件包：

utils.install_packages('DirichletReg')

或者对于多个软件包，将其传递给一个字符向量：

from rpy2.robjects.vectors import StrVector

package_names = ('ggplot2', 'hexbin')
utils.install_packages(StrVector(package_names))

这些例子改编自rpy2文档和install.packages文档，截至我最后一次编辑时，该文档仍建议这样做。