在Ubuntu上安装R（CRAN）+ rpy2 -> 找不到libRblas.so

Question

我正在尝试在Ubuntu（11.04，Natty Narwhal）上构建R（尝试了2.14.2和2.15）和rpy2（2.2.6，Python 2.7.1），以部署到自定义目录（以下称为/home/me/lib/R），因为我没有root访问权限，但需要比服务器上可用的更新版本。更多构建细节等详见下文，但即使在运行rpy2测试时，我始终会收到以下错误：

/home/me/lib/pythonlib/lib/python/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>()
---> 87 from rpy2.rinterface._rinterface import *
ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory
WARNING: Failure executing file: <experiments/arrangement/test_smacof_arrange.py>

我确认正在调用正确的rpy2模块（我的自定义构建），该模块已针对自定义构建的R版本进行构建。为此，我执行以下操作：

1. I first Build R-base on ubuntu

   wget http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/natty/r-base_2.14.2.orig.tar.gz
   # untar and go to directory
   
   # enable-R-shblib flag is needed for rpy2 linking, enable-BLAS-shlib was included
   # because I hoped to solve the problem, which doesnt change anything however
   ./configure --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib --prefix=/home/me/lib/R
   make
   make install
   

2. I then build rpy2 against this R build

   wget http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.2.6.tar.gz
   # untar and go to directory
   
   # build rpy2, by providing the r-home-lib and r-home flags, and deploy to custom dir
   python setup.py build --r-home /home/me/lib/R --r-home-lib /home/me/lib/R/lib64/R/lib install --home /home/me/lib/pythonlib
   

   I also have adapted my pythonpath to find modules in /home/me/lib/pythonlib, so the problem isn't there. The python build returns the correct configuration (note that Rblas appears here!)

   Configuration for R as a library:
   include_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/include',)
   libraries: ('R', 'Rblas', 'Rlapack')
   library_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/lib',)
   extra_link_args: ()
   

我已经试图追踪错误，但一直没有结果。/home/me/lib/R/lib64/R/lib包含libRblas.so，但有一件事情看起来很奇怪，就是libRblas.so从libR.so没有正确链接，但我不确定这是否会导致错误，也不知道如何修复它。

>> ldd -d libR.so

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffcec58000)
libRblas.so => not found
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fe63d21d000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fe63cf97000)
...

任何帮助都会受到高度赞赏！

- flinz

Answer 1

对于遇到此问题的其他人，我解决了该问题，方法是确保在bashrc中将R库添加到我的库路径中：

export LD_LIBRARY_PATH="R-install-location/lib65/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

- Chris Cooper

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将此行添加到 /etc/environment 中，以使其默认启用所有用户。 - PDiracDelta

Answer 2

简要概述：

1. 为什么在Ubuntu上构建R？只需从CRAN存储库获取现有和当前的二进制文件，如http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu中的README所述--这些是通过CRAN提供的当前Debian软件包的端口，以克服正常的Ubuntu发布滞后。

2. 每当我需要在Ubuntu上安装一个更新的（小）软件包时，我只需获取Debian软件包源并在Ubuntu上重新构建。网络上应该有足够的HOWTO说明如何构建软件包；最少的步骤是a)下载三元组.orig.tar.gz、.diff.gz和.dsc，并使用dpkg-sourcepackage -x *.dsc进行扩展，然后b)切换到目录并运行sudo debian/rules binary（前提是您已经安装了所有Build-Depends：软件包）。您甚至可以使用apt-get来为您完成这些步骤，但这已经超出了本问题的范围...

- Dirk Eddelbuettel

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我的问题是我必须将其安装到非标准目录中，因为我没有root权限。据我所知，这些二进制文件是为标准的Ubuntu目录结构构建的？ - flinz

我没有尝试过，但我认为你可以指示dpkg将.deb解包到另一个目标目录。然后，您可以设置LD_LIBRARY_PATH等来适应。 - Dirk Eddelbuettel

嗯，如果是这样的话那应该可以行得通并且是一个有效的解决方法。我会试一试的。谢谢，虽然我还不能点赞，但如果可以的话我会点赞的。 - flinz

对于我们的使用情况，Debian/Ubuntu 上的 R 安装版本太旧了。 - samxiao

@xbeta：你可以获取已构建的多个软件包的关键包，即使是针对旧版本的 Ubuntu（trusty、xenial 和 bionic），也能如此。换句话说，安装当前的 R（3.6.2）和 rpy2（3.2.6）在 Ubuntu 上变得容易且无需费力。如果需要帮助，请访问 r-sig-debian 列表并提出问题。评论框不是提供详细帮助的好地方。 - Dirk Eddelbuettel