更新了 repo: [GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/PyGraphviz/v1.5:
对于 Python 2.7,它们已经构建好了: [UCI.LFD]: Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages - PyGraphviz, an interface to the Graphviz graph layout and visualization package..
注释:
任何想要了解构建过程的详细信息的人,请继续阅读!
1. 介绍
近两年过去了,问题(虽然不完全与问题描述一致)仍然存在。
我想先强调一下这两个包之间的区别:
在Anaconda环境中,[SO]: 在 Windows 10 64 位、Python 3.6 上安装 PyGraphviz(@TomHanks 的回答)完美地运行。
PyGraphwiz只提供了一个存档文件(在这种情况下是.zip文件),这意味着它包含(C / C++)源代码。
关于那些名称包含类似于cp34-none-win_amd64的.whl包的几句话(请查看[SO]: Python 中版本名称“cp27”或“cp35”代表什么?(@WayneWerner的回答)以获取详细信息):
现在,许多软件包都为运行在各种OS上的大多数常见Python版本提供了预构建的二进制文件(例如[PyPI]: mysql-connector-python - Download files),但同样许多软件包没有提供,只包含源代码。不幸的是,PyGraphviz属于后者。对于后者,pip install
将会:
下载源代码
本地构建源代码
需要一个C(C++)编译器,通常使用以下编译器:
它们可能有其他依赖项
安装已构建的构件(二进制文件和.py(c)文件)
顺带一提:pip -v ...
为当前命令启用详细模式,在遇到安装错误时非常方便。
回到我们的问题:Python 3.6需要VStudio 2015([Python.Wiki]: WindowsCompilers)。
这是一个非常广泛的话题,我在以下部分中涵盖了一些内容:
在继续之前,您应该检查它们并保持打开状态,因为您下一步肯定需要它们。
我安装了VStudio 2015 Community(还有许多其他版本),您也应该安装它,它是免费的([MS.VStudio]:仍然想要旧版本吗?)。
PyGraphviz依赖于[Graphviz]:图形可视化软件。 因此,在构建时,它将需要已经构建好(部分)Graphviz(它本身也有其他依赖项)。 不幸的是,我找不到预构建的二进制文件(有[Graphviz]:Windows Packages - graphviz-2.38.zip,但那没用),因此必须手动构建。
在进一步操作之前:
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz"
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz'
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b
other
src
这是我的
顶级目录,所有源代码都会下载到
src目录中,二进制文件将放置在
bin目录中。
2. 构建Graphviz
在开始之前,我想提到我在很大程度上依赖
Cygwin(您不必使用它,还有其他变量(
MSYS2)),并且我的一些工具已安装在那里,因此我将在
Cygwin和
Cmd终端之间交替使用(可能会令人困惑)。
[Graphviz]: Windows的Graphviz构建说明指出:
要在Windows上构建:
(Graphviz版本≥2.41)
首先,在代码库的根目录下执行git submodule update --init。 这将下载所有子模块,这些子模块大多是Windows构建所需的依赖关系。 接下来,将windows\dependencies\graphviz-build-utilities目录添加到PATH中(然后重新启动Visual Studio或在此之后执行msbuild的提示符)。 此文件夹包含已测试版本的Bison、Flex和SED等工具(以及未来的添加)。 如果一切顺利,现在就设置好了依赖项,可以构建Graphviz了。
首先,我们需要下载所有东西:
[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> ~/sopr.sh
[064bit prompt]> git clone https://gitlab.com/graphviz/graphviz.git .
Cloning into '.'...
remote: Enumerating objects: 71728, done.
remote: Counting objects: 100% (71728/71728), done.
remote: Compressing objects: 100% (19331/19331), done.
remote: Total 71728 (delta 52200), reused 71681 (delta 52157)
Receiving objects: 100% (71728/71728), 163.79 MiB | 480.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (52200/52200), done.
Checking out files: 100% (3870/3870), done.
[064bit prompt]>
[064bit prompt]> git submodule update --init
Submodule 'dependencies/criterion' (https://github.com/Snaipe/Criterion.git) registered for path 'dependencies/criterion'
Submodule 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-build-utilities.git) registered for path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities'
Submodule 'windows/dependencies/libraries' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-windows-dependencies.git) registered for path 'windows/dependencies/libraries'
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/dependencies/criterion'...
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/graphviz-build-utilities'...
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/libraries'...
Submodule path 'dependencies/criterion': checked out '301d143ea42c024f22b673b69c72a4cb3c8d151f'
Submodule path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities': checked out '050fff84ce195e0740878748760fd801eeb07b23'
Submodule path 'windows/dependencies/libraries': checked out '141d3a21be904fa8dc2ae3ed01d36684db07a35d'
[064bit prompt]>
[064bit prompt]> git show head
commit 89292b5945933b1501293c04894ed9cf886241be (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD)
Merge: 429d43615 97811bd35
Author: Stephen C North <scnorth@gmail.com>
Date: Mon Feb 4 08:09:40 2019 -0500
Merge branch 'wasbridge/graphviz-master' into HEAD
[064bit prompt]> git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.
nothing to commit, working tree clean
你最终会得到一个包含大约320 MiB的东西的目录
dir。该
dir包含一个
graphviz.sln文件,这是一个
VStudio(2015)解决方案文件,其中包含
63个项目。
查看Anaconda或Python 2.7的PyGraphviz(已构建)软件包,它仅依赖于cgraph.dll,而cgraph.dll又依赖于cdt.dll,因此只有这两个项目与我们相关。请注意,这两个项目可能不需要所有的Git子模块(因此dir可能会被削减),但我没有进一步调查。
不幸的是,这些项目仅配置为032bit(Win32平台(pc032))。064bit的必须手动添加(我是从VStudio IDE中添加的,并在我引用的答案中描述了该过程)。保存项目后,它们将被Git标记为已修改:
[064bit prompt]> git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.
Changes not staged for commit:
(use "git add <file>..." to update what will be committed)
(use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
(commit or discard the untracked or modified content in submodules)
modified: lib/cdt/cdt.vcxproj
modified: lib/cgraph/cgraph.vcxproj
modified: windows/dependencies/graphviz-build-utilities (modified content)
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")
第三个项目是因为我需要重置两个可执行文件的一些安全权限(在构建cgraph时使用):
很可能是由于Cygwin,导致设置不正确。
你可以从IDE构建这两个项目,但我选择使用命令行([MS.Docs]:MSBuild命令行参考),因为我觉得更加灵活:
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> sopr.bat
### Set shorter prompt to better fit when pasted in StackOverflow (or other) pages ###
[prompt]> "c:\Install\x86\Microsoft\Visual Studio Community\2015\vc\vcvarsall.bat" x64
[prompt]> set PATH=%PATH%;%CD%\src\graphviz\windows\dependencies\graphviz-build-utilities
[prompt]> msbuild src\graphviz\lib\cdt\cdt.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cdt_064.txt 2>&1
[prompt]> echo %errorlevel%
0
[prompt]> dir /b
bin
build_cdt.txt
other
src
[prompt]> msbuild src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cgraph_064.txt 2>&1
[prompt]> echo %errorlevel%
0
[prompt]> dir /b "bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz"
cdt.dll
cdt.dll.lastcodeanalysissucceeded
cdt.exp
cdt.lib
cgraph.dll
cgraph.dll.lastcodeanalysissucceeded
cgraph.exp
cgraph.lib
所以,我们已经拥有了完成操作所需的一切(2个.lib文件和2个.dll文件)。
3. 构建PyGraphviz
PyGraphviz源代码(从
[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - (pygraphviz-1.5) pygraphviz-pygraphviz-1.5.zip下载并)解压到
src/pygraphviz/pygraphviz-pygraphviz-1.5。
还需要对Graphviz进行一些调整(可能作为另一个项目的一部分-安装步骤):准备头文件:
[prompt]> mkdir include\graphviz
[prompt]> copy src\graphviz\lib\cdt\cdt.h include\graphviz
1 file(s) copied.
[prompt]> copy src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.h include\graphviz
1 file(s) copied.
遗憾的是,PyGraphviz不能够直接编译成功,因为[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - Python 3 support。为了解决这个问题,必须应用[GitHub]: eendebakpt/pygraphviz - Workaround for PyIOBase_Type for Python2 on win。我修改了这个方法以适配当前的源码(因为它也不能够直接编译成功)仅对于 graphviz_wrap.cpp:
pygraphviz-1.5-all-pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch:
--- pygraphviz/graphviz_wrap.c.orig 2018-09-10 16:07:12.000000000 +0300
+++ pygraphviz/graphviz_wrap.c 2019-02-26 18:05:20.281741400 +0200
@@ -2988,7 +2988,18 @@
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
-extern PyTypeObject PyIOBase_Type;
+static PyObject *PyIOBase_TypeObj;
+
+static int init_file_emulator(void)
+{
+ PyObject *io = PyImport_ImportModule("_io");
+ if (io == NULL)
+ return -1;
+ PyIOBase_TypeObj = PyObject_GetAttrString(io, "_IOBase");
+ if (PyIOBase_TypeObj == NULL)
+ return -1;
+ return 0;
+}
#endif
@@ -3449,7 +3460,7 @@
{
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
#if !defined(PYPY_VERSION)
- if (!PyObject_IsInstance(obj0, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+ if (!PyObject_IsInstance(obj0, PyIOBase_TypeObj)) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
return NULL;
}
@@ -3523,7 +3534,7 @@
{
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
#if !defined(PYPY_VERSION)
- if (!PyObject_IsInstance(obj1, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+ if (!PyObject_IsInstance(obj1, PyIOBase_TypeObj)) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
return NULL;
}
@@ -6051,6 +6062,12 @@
SWIG_InstallConstants(d,swig_const_table);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
+ if (init_file_emulator() < 0) {
+ return NULL;
+ }
+#endif
+
PyDict_SetItemString(md,(char*)"cvar", SWIG_globals());
SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agdirected",Swig_var_Agdirected_get, Swig_var_Agdirected_set);
SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agstrictdirected",Swig_var_Agstrictdirected_get, Swig_var_Agstrictdirected_set);
那是一个diff(补丁)。请参见
[SO]:如何在PyCharm社区版中的鼠标右键上下文菜单中运行/调试Django应用程序的UnitTests?(@CristiFati's答案)(Patching UTRunner部分),了解如何在Win上应用补丁(基本上,每一行以
一个"+" 符号开头的都需要添加,每一行以
一个"-" 符号开头的都需要删除)。
[prompt]> :: Restore the original prompt as cwd is important
[prompt]> exit
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set _TOP_DIR=%CD%
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> pushd src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> pushd pygraphviz && "c:\Install\x64\Cygwin\Cygwin\AllVers\bin\patch.exe" -p 1 -buNi ..\pygraphviz-1.5-all-pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch && popd
patching file graphviz_wrap.c
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel%
0
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" setup.py install --include-path=%_TOP_DIR%\include --library-path=%_TOP_DIR%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz >%_TOP_DIR%\install_pygraphviz_064.txt 2>&1
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel%
0
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> popd
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set PATH=%PATH%;%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz;print(dir(pygraphviz), \"\n\", pygraphviz.graphviz._graphviz)"
['AGraph', 'Attribute', 'DotError', 'Edge', 'ItemAttribute', 'Node', '__all__', '__author__', '__builtins__', '__cached__', '__date__', '__doc__', '__file__', '__license__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__path__', '__revision__', '__spec__', '__version__', 'absolute_import', 'agraph', 'division', 'graphviz', 'print_function', 'release', 'test', 'tests', 'version']
<module '_graphviz' (e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\lib\site-packages\pygraphviz\_graphviz.cp36-win_amd64.pyd)>
如上所示,模块已成功导入。
需要注意的是,在导入模块时必须有前面一节提到的2个.dll依赖项,因此它们的dir被添加到了%PATH%中。
当然,这只是一种(简陋的)解决方法(gainarie),不能每次使用该包时都这样操作。
我还不知道如何指示setup.py在构建/安装目录中也复制它们,因此作为替代方法(同样是解决方法),必须手动将它们复制到PyGraphviz安装目录下(与_graphviz.cp36-win_amd64.pyd放在一起,在我的情况下是:“e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\lib\site-packages\pygraphviz”)。
4.快捷方式
由于整个过程比较复杂,需要大量的手动干预和hack,我已经成功地构建了一个(.whl)包(通过对setup.py进行小修改)。
我不知道有什么简单的方法可以公开使用,所以(虽然这可能不是最佳实践),我将其上传到
[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/PyGraphviz/v1.5/pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl。
注:
你可以将其
本地下载(例如在
C:\Path\to\downloaded中),然后像这样安装它(这是一种方法,请查看
[SO]: 如何在Windows 10上为特定的Python版本安装包?(@CristiFati's answer)以获取其他选项):
"C:\Path\to\Python-3.6-amd64\python.exe" -m pip install "C:\Path\to\downloaded\pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl"
上述的
.whl文件位于其他几个文件旁边。它们是针对不同的
Python版本(当
.whl包含链接到特定
Python库的
.dll(
.pyd)或
.so(在
Nix上)时会发生这种情况)。要匹配您的
Python版本,请搜索
.whl名称以查找
cp${PYTHON_VERSION_MAJOR}${PYTHON_VERSION_MINOR}。在当前情况下,它是
cp36对应于
Python 3.6,但相同的原则适用于其他
Python版本(
cp37、
cp38、
cp39、
cp310、
cp311等)。有关更多详细信息,请查看
[SO]:Python中版本名称“cp27”或“cp35”表示什么?。
体系结构也是如此(
win_amd64/
win32(在
Nix上为
x86_64/
i686))。
注意:
它也适用于Anaconda环境!
Pip install pygraphviz
对我都不起作用。我能够通过下载cp27 whl文件来安装2.7版本。所以我正在寻找Python 3的cp34文件。 - jason