使用ggplot2制作分面或叠加的直方图时会产生不同的直方图。

Question

我正在运行引导程序，以更好地了解基于相对较少参与者的混合模型得出的一些统计数据。对于两个条件，我正在绘制引导平均值的直方图（数据链接）。

问题是，当我将直方图叠加在彼此上面（一个分面/面板），那么我会看到B处理的明显双峰直方图，但是当使用每个处理的分面进行绘制时，这个双峰峰值就消失了。

p <- ggplot(data=bstr3, mapping=aes(x=m, fill=treatment)) +
  geom_histogram(binwidth=1, alpha=0.4) + 
  scale_fill_manual(values=c('A'='red', 'B'='blue')) 
p + coord_cartesian(xlim=c(-60, 0))

然而，当我将处理绘制为多个图像时，双峰峰值消失了。

p + facet_wrap(~treatment, ncol=1) + coord_cartesian(xlim=c(-60, 0))

根据ggplot书籍和互联网，我无法理解这是否是预期或潜在的错误。我发现this question提到了一个错误，但该帖子已经一年了，而且我已经更新了最新的R和ggplot2。

R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     methods   base     

other attached packages:
[1] plyr_1.8             reshape2_1.2.2       knitrBootstrap_0.6.5
[4] markdown_0.6.1       knitr_1.3            ggplot2_0.9.3.1     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-2   dichromat_2.0-0    digest_0.6.3       evaluate_0.4.4    
 [5] formatR_0.8        grid_3.0.1         gtable_0.1.2       labeling_0.2      
 [9] MASS_7.3-27        munsell_0.4.2      proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5
[13] scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.1       

- Paul Lemmens

Answer 1

默认情况下，geom_histogram使用的position调整方式是position_stack（这对于直方图来说似乎是一个奇怪的默认值）。您需要使用position_identity。

set.seed(42)
DF <- data.frame(x=rnorm(1000,5,0.5),y=rnorm(1000,7,1))
library(reshape2)
DF <- melt(DF)

library(ggplot2)
p <- ggplot(data=DF, mapping=aes(x=value, fill=variable)) +
  geom_histogram(binwidth=1, alpha=0.4) + 
  scale_fill_manual(values=c('x'='red', 'y'='blue')) 
print(p)

p <- ggplot(data=DF, mapping=aes(x=value, fill=variable)) +
  geom_histogram(binwidth=1, alpha=0.4, position="identity") + 
  scale_fill_manual(values=c('x'='red', 'y'='blue')) 
print(p)

- Roland

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啊哈，谢谢你指出这一点。我没有考虑到堆叠位置默认值会涉及到这个问题！ - Paul Lemmens