'R'中“caret”包出现“找不到函数”错误

Question

我将为您翻译以下内容：

我正在尝试通过R中的caret软件包运行“gbm”。但是出现了“method”gbm.fit“ not found”的错误。 gbm软件包已加载，R、RStudio、caret和gbm已更新到最新版本（请参见下面的版本信息）。

这里有一个[可重复]的例子

加载所需的软件包

library(caret)
library(gbm)
library(foreach)
library(doParallel)
library(magrittr)
library(plyr)

启动并行（或不启动，结果相同）

cl=makeCluster(5)
registerDoParallel(cl)

为caret设置控制参数 - 基本上全部默认

gbm.fit.control = trainControl(method = "cv", 
                               number = 5,
                               repeats = 1,
                               p = 0.75, 
                               verboseIter = T,
                               returnData = TRUE,
                               summaryFunction = defaultSummary
                               selectionFunction = "best",
                               allowParallel = FALSE)

为参数搜索设置网格 - 没有什么特别的

gbmGrid <-  expand.grid(interaction.depth = c(2,5,8),
                        n.trees = c(500,2000,5000),
                        shrinkage = c(0.1,0.01),
                        n.minobsinnode = c(10))

为这个示例生成虚拟数据。实际数据更加复杂，但是这个玩具示例的结果也是一样的。

tn.XY=data.frame(y=runif(100), x1=runif(100), x2=runif(100), x3=runif(100))

尝试运行训练函数

gbmFit3 <- train(y~x1+x2+x3, data = tn.XY,
                 method = "gbm",
                 trControl = gbm.fit.control,
                 verbose = FALSE,
                 tuneGrid = gbmGrid,
                 ## Specify which metric to optimize
                 metric = "RMSE")

出现错误 = gbm.fit未找到

+ Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
model fit failed for Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
Error in do.call("gbm.fit", modArgs) : could not find function "gbm.fit"

- Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=2, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
+ Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=5, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
model fit failed for Fold1: shrinkage=0.01, interaction.depth=5, n.minobsinnode=10, n.trees=5000 
Error in do.call("gbm.fit", modArgs) : could not find function "gbm.fit"
...
And it continues for every fold

我怀疑这可能是并行问题（例如这里）。然而，禁用并行执行并没有帮助。我有点迷失了。我知道有些人使用caret非常成功。它可能需要一些基础的东西，我可能漏掉了什么。

R版本信息

R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] plyr_1.8.3       magrittr_1.5     doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    gbm_2.1-06       survival_2.38-3 
 [8] caret_6.0-52     ggplot2_1.0.1    lattice_0.20-33  readr_0.1.1      installr_0.16.0 

- Alex Lizz

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现在我必须决定如何处理这个问题 - 新版本中有一些修复和功能我很喜欢 ... - Alex Lizz

Answer 1

我找到了问题所在。我认为不应该删除我的问题，我想留下来，也许可以帮助别人。问题是我安装了GitHub上的新版本，但由于某些原因没有gbm.fit方法。所以我从CRAN存储库中重新安装它，错误就消失了。

- Alex Lizz