无法在R中安装caret包

Question

我已经尝试了多种方法在R中安装caret包。我收到的错误消息如下：

错误：在loadNamespace(j <- i[[1L]]，c(lib.loc，.libPaths())，versionCheck = vI[[j]])加载名为‘caret’的软件包或名称空间失败： 没有名为“dimRed”的软件包

当我尝试安装dimRed时，我会收到以下消息：

Installing package into ‘C:/Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  dependency ‘Biobase’ is not available

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
dimRed  0.1.0  0.2.1             FALSE

installing the source package ‘dimRed’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/dimRed_0.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 363025 bytes (354 KB)
downloaded 354 KB

错误：包'dimRed'所需的依赖包'Biobase'不可用 * 正在删除'C:/Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4/dimRed' In R CMD INSTALL 警告: 运行命令'"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.4/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\Thomas\Documents\R\win-library\3.4" C:\Users\Thomas\AppData\Local\Temp\RtmpqKhsKn/downloaded_packages/dimRed_0.2.1.tar.gz'时出错，状态为1 警告: 安装包' dimRed'时出现非零的退出状态

下载的源代码包在'C:\Users\Thomas\AppData\Local\Temp\RtmpqKhsKn\downloaded_packages'中。

根据之前的帖子，我已经更新了RStudio。 我尝试了从install_url安装。

欢迎任何建议。

- coult

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你尝试过先安装 biobase 吗？请参考文档获取安装帮助。 - CIAndrews

这些信息很令人困惑。Biobase是一个Bioconductor包。根据它的CRAN页面，caret并不需要它或dimRed。听起来你当前的R环境出了问题。我建议你重新启动R并再试一次。 - neilfws

有可能caret所需的某个软件包（它们有很多）确实将dimRed作为依赖项。我刚刚安装了caret，在依赖项阶段安装了dimRed。重新安装可能是浪费时间的建议。（我已经安装了Biobase。） - IRTFM

我运行了install.packages("dimRed", dependencies = T)命令，现在我的基本错误信息已经变成了-> library("caret") 错误：载入程序包或名称空间‘caret’失败，在loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]])中： 没有叫做‘Biobase’的程序包。当我尝试安装Biobase时，被告知它在R3.4.4上不可用。有什么想法吗？ - coult

我曾经遇到过类似的问题。就像@neilfws所提到的那样，我的一些库可能仍在我正在进行的RStudio会话中打开。我只需重新启动RStudio，使用install.packages("caret", dependencies = TRUE)，然后一切都正常了。 - JASC

Answer 1

我能够解决这个问题。 仅仅输入install.packages是不行的。为了安装Biobase，你需要在R控制台中运行以下代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biobase", version = "3.8")

更多信息: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html

此步骤完成后，我再次安装了caret。

install.packages("caret",dependencies = T)

然后它就正常工作了。

- user2730749

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我遇到了与提问者相同的问题。我尝试了这个方法，但是当我尝试使用 library(caret) 时，我得到了与提问者相同的第一个错误。 - a.powell

也许这与R版本有关，正如之前的回答所指出的那样。我使用的是Windows 10 Pro下的R版本3.5.1（2018-07-02）。我使用了install.packages("caret",dependencies = T)命令。您可以尝试一下并查看caret包是否除了Biobase包还有其他依赖项。 - user2730749

对我没用 - undefined

Answer 2

警告...

install.packages("BiocManager")

只有当您的R版本>= 3.5.0时，此方法才有效。

我在Centos和Windows下遇到了同样的问题。 在Windows上使用3.5.1 R版本解决了问题。但在CentOS（3.4.2）上尚未解决。

- G. Xib