一个组内的多个箱线图

Question

一个组内的多个箱线图

3

我找到了一些解决方案，但不完全是我想要的。我在R中有5个数据框，每个数据框都有4列：

假设第一个数据框的名称是“Gene1”

Ind1     Ind2       Ind3      Ind4
1          3         3.2        2.5
1          3         4          2
1.5        2         2.2        1
3.4        2         1          3

其余的数据框分别称为“Gene2”，“Gene3”，“Gene4”和“Gene5”，并且类似。

我想将所有数据框和所有列的箱线图并排绘制在同一张图中。我没有找到这样的图，因此我无法上传图片，但我会尝试解释。

现在从上面的数据中，图表将具有20个箱线图。前4个箱线图应该靠在一起，并且x轴名称应为“Gene1”（对于所有4个箱线图），然后在图中留出一点空间，再次出现4个箱线图，其x轴名称为“Gene2”，以此类推。

我可以轻松地在一个图中绘制所有箱线图，但我无法区分数据框。也就是说，它应该清楚地显示前4个箱线图来自“Gene1”，接下来的4个箱线图来自“Gene2”，以此类推。

如果问题不清楚，请告诉我。

- Vikas

2个回答

6

以下是我使用 ggplot2 和相关工具尝试满足您的需求。

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plyr)

Gene1 <- read.table(text = "Ind1     Ind2       Ind3      Ind4
1          3         3.2        2.5
1          3         4          2
1.5        2         2.2        1
3.4        2         1          3", header = TRUE)

#Make a copy of Gene1
Gene2 <- Gene1

#A Round about way to rbind these together with an ID column
combined_data <- ldply(list(Gene1 = Gene2, Gene2 = Gene2))

#Melt into the long format needed by ggplot2
combined_data_melt <- melt(combined_data, id.vars = 1)

#Plot and use facet_wrap for each data.frame
ggplot(combined_data_melt, aes(variable, value)) +
  geom_boxplot() +
  facet_wrap(~.id, ncol = 1) +
  theme_bw()

给你一个类似这样的输出：

enter image description here

这应该可以满足您的需求，对代码进行了相当小的更改。感谢Joran在R聊天室中关于躲避的提示。

ggplot(combined_data_melt, aes(.id, value, dodge = variable)) +
  geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0.8)) +
  theme_bw()

enter image description here

- Chase

谢谢您的回复。我问题中提供的链接提供了某种类似的解决方案。但是我想要在一个图中呈现。前4个图应该彼此靠近，并且“Gene1”标签应该在x轴上（下方），然后留出一点空间，然后是4个图等等。我知道没有图片很难解释，但如果仍然不清楚，请告诉我。 - Vikas

1

@Vikas - 所以你想要一个宽度为20个箱线图的图表，每四个箱线图之间还有一些额外的空白区域？你是要将其打印成壁画吗？ :) - Chase

我认为我们可以减小箱线图的尺寸，这样就可以了。 - Vikas

@Vikas - 我明白了，看看修改后的答案。 - Chase

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Backlin · Accepted Answer

我猜想这就是你想要的，实际上使用标准的 graphics 包中的绘图函数并不复杂。这些分组数据以4个单独面板的形式进行绘制，但是共享y轴和在外侧边缘绘制的标题使其看起来像是一个单独的绘图。

# Faking the data, since you didn't provide any
Gene <- data.frame(matrix(rweibull(100*4, 1), 100))
names(Gene) <- paste0("Ind", 1:4)
Gene <- rep(list(Gene), 4)

# Setup the panels
layout(t(1:4))
par(oma=c(2, 4, 4, 0), mar=rep(1, 4), cex=1)
# `mar` controls the space around each boxplot group

# Calculating the range so that the panels are comparable
my.ylim <- c(min(sapply(Gene, min)), max(sapply(Gene, max)))

# Plot all the boxes
for(i in 1:length(Gene)){
    boxplot(Gene[[i]], ylim=my.ylim, axes=FALSE)
    mtext(paste("Gene", i), 1, 0)
    if(i == 1){
        axis(2, las=1)
        mtext("Expression or what you have", 2, 3)
    }
}
title("Look at all my genes!", outer=TRUE)

enter image description here

顺便说一下，我建议将数据框存储在列表中，而不是通过命名它们为 "Gene1"、"Gene2"、"Gene3"和"Gene4"来模拟列表。这样做更容易自动化。如果您仍然想将它们存储为单独的变量，请将 Gene[[i]] 替换为 get(paste0("Gene", i))，my.ylim <- ... 替换为 min(c(min(Gene1), min(Gene2) ... 等。