ggplot - 多个箱线图

Question

我想用此数据集创建箱线图，按"mix"因素分面（3个箱线图组合）：

daf <- read.table("http://pastebin.com/raw.php?i=xxYjmdgD", header=T, sep="\t")

以下是示例的样子：

                                            ia mix   Rs
1                                    Fluazinam   1 0.62
2                                    Fluazinam   1 0.76
3                                    Fluazinam   1 0.76
4                                    Fluazinam   1 0.52
5                                    Fluazinam   1 0.56
6                                    Fluazinam   1 0.20
7                                    Fluazinam   1 0.98
235 Carbendazim+Cresoxim-Metílico+Tebuconazole   3 0.65
236 Carbendazim+Cresoxim-Metílico+Tebuconazole   3 0.28
237 Carbendazim+Cresoxim-Metílico+Tebuconazole   3 0.41

这些是我失败的尝试！

library(ggplot2) 

qplot( Rs, ia, data=daf) + 
  facet_grid(mix ~ ., scales = "free", space = "free", labeller = label_both)

当我添加qplot(Rs, ia, data=daf, geom="boxplot")时，只会出现一条线，而不是盒形图。

ggplot(data=daf, aes(x=ia, y=Rs))+
  geom_boxplot(outlier.colour = "black", outlier.size = 2)  +  
  coord_flip() +  theme_bw() +
  scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.25))+
  stat_summary(fun.y = mean, geom="point", shape = 4, size = 3, colour = "blue") +
  facet_grid(mix ~. , scales = "free", space="free", labeller = label_both) 

» 它将每个“ia”级别重复到每个“mix”级别中

ggplot(data=daf, aes(x=ia, y=Rs))+
  geom_boxplot(outlier.colour = "black", outlier.size = 2)  +  
  layer(data = a, mapping = aes(x = ia, y= 0, label=a$Rs.median),
        geom = "text", color="NavyBlue", size=3.5) +
  coord_flip() +  theme_bw() +
  scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.25))+
  stat_summary(fun.y = mean, geom="point", shape = 4, size = 3, colour = "blue") 

最后，我想将这三个绘图结合起来：

从第一个图中获取facet.grid（不重复使用“ia”变量），从第二个图中获取boxes，在第三个图中获取左内边距中的中位数值，如果可能，请在“mix”因子的每个级别中按中位数值重新排序“ia”...

有人能帮我解决吗？

提前感谢！

- Juanchi

Answer 1

geom_boxplot 假设分类变量位于 x 轴上。 coord_flip 不能与 facet_grid + geom_boxplot 结合使用。一种解决方法是旋转文本。您可以在另一个程序中导出并旋转该图像（或找出如何提取 grid 对象并将其旋转）。

a = ddply(daf, .(ia,mix), function(x) c(Rs=median(x$Rs, na.rm=TRUE)))

ggplot( data=daf, aes(x=ia, y=Rs) ) + 
  geom_boxplot() +
  facet_wrap(~mix, scales="free_x") +
  stat_summary(fun.y = mean, geom="point", shape = 4, size = 3, colour = "blue") +
  theme(axis.text.x=element_text(angle = 90, hjust = 1, vjust=0.5)) +
  theme(axis.title.x=element_text(angle = 90, vjust=0.5)) +
  theme(axis.text.y=element_text(angle = 90, hjust=0.5)) +
  theme(strip.text=element_text(angle = 90, hjust=0.5)) +
  geom_text(data = a, mapping = aes(x = ia, y= 0.02, label=round(Rs,2)),
        color="NavyBlue", size=3.5, angle=90, hjust=1) +
  ylim(-0.03,1)

- kdauria

---

我认为你需要在x轴标签中添加vjust=0.5，这样它们就会居中显示在刻度线下方。此外，你可以将x轴标题旋转90度，这样一旦整个图形被旋转，它就会处于所需的方向。 - eipi10

@kdauria：我尝试了你的代码，使用ggplot2 2.1.0版本，但是出现了错误Error in layer(data = a, mapping = aes(x = ia, y = 0.02, label = round(Rs, : unused arguments (color = "NavyBlue", size = 3.5, angle = 90, hjust = 1, scale = "free_x")。如果我只使用layer(data = a, mapping = aes(x = ia, y= 0.02, label=round(Rs,2)), geom = "text"，则会出现另一个错误Error: Attempted to create layer with no position.你有什么想法吗？非常感谢！ - Tung

我不知道为什么之前使用了 layer。在 ggplot 2.0.0 上我得到了相同的错误。我更新了答案，使其适用于 ggplot 2.0.0。如果对你不起作用，请让我知道。 - kdauria

Answer 2

我发现了https://github.com/lionel-/ggstance，并想出了一个替代方案。

library(devtools)
devtools::install_github("lionel-/ggstance")

library(ggplot2)
library(ggstance)
daf <- read.table("http://pastebin.com/raw.php?i=xxYjmdgD", header=T, sep="\t")

library(dplyr)
a = daf %>% 
  group_by(ia, mix) %>%
  summarize(Rs=mean(Rs))

ggplot(daf, aes(x=Rs, y=ia)) +
  geom_boxploth() +
  geom_point(data=a, shape = 4, size = 3, colour = "blue") +
  geom_text(data = a, mapping = aes(y = ia, x=0, label=round(Rs,2)),
            color="NavyBlue", size=3.5, hjust=0) +
  facet_grid(mix~., scales="free_y")

- kdauria