使用numpy数组绘制NetworkX图形出现错误。

Question

我有一个numpy数组作为我的邻接矩阵，并希望使用NetworkX将其绘制成简单的无向图，但我一直遇到这个错误：AttributeError: module 'scipy.sparse' has no attribute 'coo_array' 我正在遵循这个特定答案：从CSV文件中的邻接矩阵绘制NetworkX图形，但无法使其工作。唯一的区别是我的邻接矩阵非常大，大约有30000列。

这是我的图形绘制代码：

G = nx.from_numpy_matrix(np.matrix(adj_mtx_np), create_using=nx.DiGraph)
nx.draw(G)
plt.show()

我的Scipy版本是1.8.0

- yxx

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你能展示一下你的代码和10列样本数据吗？ - noob

我认为您会发现稀疏数组是在scipy 1.8.0中添加的，因此您可能正在使用早期版本。如果您已将scipy导入为sp，则print（sp.__version__）将确认。 - Riley

@RabeeQasem 我已经用我的代码进行了更新。至于我的数据，它是一个常规的邻接矩阵，我不确定如何在这里粘贴它，因为它相当大。 - yxx

@Riley 我已经更新了我的版本。 - yxx

Answer 1

将networkx降级到2.6.3版本，这对我解决了这个问题。

- hiroki

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目前你的回答不够清晰，请编辑并添加更多细节，以帮助其他人理解它如何回答问题。你可以在帮助中心找到有关如何编写好答案的更多信息。 - Community

欢迎来到StackOverflow！没有1.6.3版本，所以我认为你指的是2.6.3。我遇到了同样的问题，降级到了2.63（从2.7.1），现在它可以正常工作了。显然，在最新版本中，即使使用Anaconda解决依赖关系（我已经这样做了），也存在一些包之间的不一致性。简而言之：对我来说，降级到2.6.3版本起作用了。 - A. G.

感谢您的评论。我编辑了我的帖子。再次感谢您。 - hiroki

Answer 2

我升级了 scipy 和 networkx，这样做对我有用。

pip install --upgrade scipy networkx

- lyh458

Answer 3

我查看了生成错误的scipy文件("convert_matrix.py")的921行：A = sp.sparse.coo_array((d, (r, c)), shape=(nlen, nlen), dtype=dtype)。

你需要将"coo_array"替换为"coo_matrix"。

所以它应该像这样：A = sp.sparse.coo_matrix((d, (r, c)), shape=(nlen, nlen), dtype=dtype)

这对我的项目已经足够好用了。

- cocophelps

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确实是这样做的。 - ITA

Answer 4

我也在Windows 10上使用VS Code。我遇到了同样的问题。然后我尝试分别升级scipy和networks，但它们对我没有用。然后我尝试使用以下代码同时升级两者。这样就解决了我的问题。

!pip install --upgrade scipy networkx

在命令提示符中，这段代码应该像这样。尝试以管理员身份打开。

pip install --upgrade scipy networkx

- Hafez Ahmad

Answer 5

我遇到了同样的问题，我使用了

pip install scipy==1.8.1

在Windows系统上它可以工作！我猜这可能是因为之前的版本中'scipy.sparse'没有'coo_array'。

我尝试了第一个答案中的方法，但它们对我没用。我还尝试使用conda将scipy更新到1.8.1，但也无济于事。

- Jayyu

Answer 6

这些版本的networkx和scipy解决了我的错误

%pip install 'networkx<2.7'

%pip install 'scipy>=1.8'

- Carol