Networkx图形边绘制错误。

Question

我有以下代码，可以在随机图中正常工作。但是，当我尝试使用其他类型的图形时，绘制边缘函数会发生错误，特别是边缘位置。

如果您注释掉：

G = nw.random_geometric_graph(200, 0.125)

并将其取消注释

G = nw.barabasi_albert_graph(200, 2)

出现错误消息。我是 Python 新手，特别是对于 NetworkX，所以任何帮助都将不胜感激！

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nw

G = nw.random_geometric_graph(200, 0.125)

#G = nw.watts_strogatz_graph(200, 3, 0.125, seed=None)
#G = nw.barabasi_albert_graph(200, 2)

# position is stored as node attribute data for random_geometric_graph
pos = nw.get_node_attributes(G, 'pos')

# find node near center (0.5, 0.5)
dmin = 1
ncenter = 0
for n in pos:
    x, y = pos[n]
    d = (x - 0.5) ** 2 + (y - 0.5) ** 2
    if d < dmin:
        ncenter = n
        dmin = d

# color by path length from node near center
p = nw.single_source_shortest_path_length(G, ncenter)

plt.figure(figsize=(8, 8))

nw.draw_networkx_edges(G, pos, nodelist=[ncenter], alpha=0.4)
nw.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=list(p.keys()), node_size=80, node_color=list(p.values()), cmap=plt.cm.Reds_r)

plt.xlim(-0.05, 1.05)
plt.ylim(-0.05, 1.05)
plt.axis('off')
plt.savefig('random_geometric_graph.png')
plt.show()

给出的错误信息是：

---------------------------------------------------------------------------
KeyError                                  Traceback (most recent call last)
<ipython-input-11-> in <module>()
     22 plt.figure(figsize=(8,8))
     23 
---> 24 nw.draw_networkx_edges(G, pos, nodelist=[ncenter], alpha=0.4)
     25 nw.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=list(p.keys()), node_size=80, node_color=list(p.values()), cmap=plt.cm.Reds_r)
     26 

/Users//anaconda/lib/python3.6/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py in draw_networkx_edges(G, pos, edgelist, width, edge_color, style, alpha, edge_cmap, edge_vmin, edge_vmax, ax, arrows, label, **kwds)
    513 
    514     # set edge positions
--> 515     edge_pos = numpy.asarray([(pos[e[0]], pos[e[1]]) for e in edgelist])
    516 
    517     if not cb.iterable(width):

/Users//anaconda/lib/python3.6/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py in <listcomp>(.0)
    513 
    514     # set edge positions
--> 515     edge_pos = numpy.asarray([(pos[e[0]], pos[e[1]]) for e in edgelist])
    516 
    517     if not cb.iterable(width):

KeyError: 0

- AngusTheMan

---

如果你遇到错误，请在帖子中包含它们，并突出显示导致错误的具体行。 - EdChum

pos=nw.get_node_attributes(G,'pos') 对于随机几何图有效。对于其他图，它将设置 pos 为空字典 {}。 - Joel

Answer 1

我认为除了random_geometric_graph这种图形初始化方法，其他任何方法都不会自动设置节点位置（因为该图形的连通性取决于节点位置，因此默认情况下应该设置一个节点位置）。如果您使用watts_strogatz_graph检查示例，则返回的字典实际上是空的（尽管它可能应该引发一个KeyError）。

您需要显式地确定布局，例如使用：

pos = nw.spring_layout(G)

或者其他布局算法。

- Paul Brodersen

Answer 2

您可以从堆栈跟踪中看到，问题出在这一行：

nw.draw_networkx_edges(G, pos, nodelist=[ncenter], alpha=0.4)

而错误是 KeyError，因此某些内容无法找到。可能需要在此处绘制 edges，但您提供了 nodelist。根据官方文档，绘制edges的方法应接受edgelist而不是nodelist。

所以你需要这样做：

nw.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=[SOME_EDGES_HERE], alpha=0.4)

请注意，这里应该是边缘而不是节点，因此您需要从中心节点找到它们。

- VMAtm