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Knitr:将代码块输出重定向到终端

我想监控一些嵌入在knitr文件中的相当长的并行计算。 这些计算依赖于我编写的一个包,相关函数使用multicore包中的mclapply进行并行化。该函数使用utils包中略微修改后的txtProgressBar实现输出进度条以监视计算的进度。进度条打印到终端,并通过fifo连接在每个mc...

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使用mclapply在R中抑制警告

使用mclapply()时,所有发出的警告似乎都被抑制了:library(multicore) mclapply(1:3, function(x) warning(x)) [[1]] [1] "1" [[2]] [1] "2" [[3]] [1] "3" 使用 lapply 时将会得到:...

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R中大栅格数据的并行处理(Windows)

我将使用doSNOW包,尤其是parLapply函数,对一组大型栅格数据集(OS:Windows x64)进行重新分类(以及其他操作)。 代码看起来有些像这个最小化的例子: library(raster) library(doSNOW) #create list containing t...

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R中的并行处理 - 使用mclapply()和pbmclapply()设置种子

我正在使用R语言中的parallel包中的mclapply()并行运行模拟程序,希望能够跟踪每个函数调用的进度。因此,我决定改用pbmcapply包中的pbmclapply(),以便每次运行模拟时都有一个进度条(pbmclapply()是为mclapply()特别创建的包装器,因此它们应该具有...

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为什么会出现“所有计划的内核在用户代码中遇到错误”这个错误?是否与服务器的核心处理器有关?

我们在过滤和修剪fastq文件的同时分析测序数据时,遇到了以下错误。以下错误是由于处理命令的核心不可用引起的吗? 错误代码如下:colnames<-(*tmp*, value = c("cs103_R1_dada.fastq", "cs110_R1_dada.fastq", : 尝试在维...

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在R中合并列表

有什么简单快捷的方法可以从以下地方到达: x <- list(a1=2, b1=c(1,2), c1=1:3) y <- list(a2=5, b2=c(2,5), c2=2:4) to list(list(x$a1, y$a2), list(x$b1, y$b2), li...