Knitr：将代码块输出重定向到终端

Question

我想监控一些嵌入在knitr文件中的相当长的并行计算。

这些计算依赖于我编写的一个包，相关函数使用multicore包中的mclapply进行并行化。该函数使用utils包中略微修改后的txtProgressBar实现输出进度条以监视计算的进度。进度条打印到终端，并通过fifo连接在每个mclapply迭代完成时更新。

当直接从文件中调用该函数时，这很好运行，但我找不到在knitr内使其工作的方法。我尝试了相关的块选项，可以将消息和警告重定向到终端，但无法显示进度条。有人可以帮忙吗？

抱歉没有提供最小工作示例，但我不知道如何在这种情况下创建一个。

- Pepin_the_sleepy

Answer 1

由于txtProgressBar()会写入stdout，而knitr会捕获stdout中的所有内容，因此如果进度条是基于文本并且写入stdout，则目前很难显示进度条。也许我可以在内部使用evaluate::evaluate(debug = TRUE)来实现您想要的效果，但我不确定这是否适用于文本进度条。

目前我的建议是：

• use a GUI-based progress bar like tcltk::tkProgressBar()

• write the progress to other places, e.g. (ab)using stderr

  ```{r progress}
  pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr())
  for (i in 1:100) {
    setTxtProgressBar(pb, i)
    Sys.sleep(0.05)
  }
  close(pb)
  ```
  

• or use your function outside a code chunk, e.g. in an inline expression (such as \Sexpr{my_multicore_function()} in Rnw or `r my_cool_fun()` in Rmd), because inline evaluation does not capture stdout

- Yihui Xie

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感谢您的回复@Yihui，我希望您能过来！我将尝试沿着您的第一个建议进行一些尝试，第二个建议将意味着失去缓存计算的能力。除了多核问题之外，您是否知道任何监视块内进行的计算状态的方法？ - Pepin_the_sleepy

也许你可以将进度写入其他地方，比如文件中：txtProgressBar(..., file = 'progress_temp.txt')。或者将其写入 stderr。我会更新我的答案。 - Yihui Xie

感谢StdErr()的技巧，简单易实现且效果惊人。顺便说一下，感谢knitr，这是我每天都在使用的绝妙工具。 - Pepin_the_sleepy

@Yihui 有没有办法让knitr不捕获stdout？我想运行knitr文档，但当出现问题时，我看不到任何调试消息、警告等。 - dfrankow

@YihuiXie "knitr捕获标准输出的所有内容"。据我所见，使用print(1+1)确实可以捕获到输出内容，但对于简单的1+1则不行。在这种情况下，在HTML或PDF中没有任何输出。当然，如果在Python控制台（2.7）中运行1+1，就会有输出。这是knitr的正常行为还是我做错了什么？ - Fran

Answer 2

阅读了Yihui的回答中有关将进度条打印到stderr的部分后，我建议使用sink()将stdout临时重定向到stderr。

sink(stderr())

your_code()

sink()

- konstunn

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当你无法控制进度条的位置时，这非常有用（例如，如果使用别人的包，如rstan）。 - Empiromancer