Knitr：不要编织一个代码块

Question

Knitr：不要编织一个代码块

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请考虑以下的test.Rmd文件：

```{r setup, purl=FALSE}
opts_chunk$set(purl=FALSE)
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE))
```     

```{r test1}
print(1)
```

```{r test2, opts.label='nopurl'}
print(2)
```

```{r test3, purl=FALSE}
print(3)
```

purl('test.Rmd')会生成test.R文件，其中不应该包含任何以test*命名的代码块，但实际上可能会被包含进去：

## ----test1---------------------------------------------------------------
print(1)


## ----test2, opts.label='nopurl'------------------------------------------
print(2)

只有test3没有被编织，其余的都已经编织了，尽管全局选项opts_chunk$set(purl=FALSE)和标签nopurl已经设置为不编织。
为什么呢？

- antonio

对我来说似乎是个bug。 - Thomas

@Thomas：同意，希望 Yihui 能看到这里并解决疑惑。 - antonio

2个回答

2

这并不是一个bug，只是purl()没有执行任何代码块，所以第一个代码块实际上并没有被执行。 purl()函数在很多方面都不可靠，建议使用?knitr::hook_purl代替。话虽如此，我并不建议完全使用purl来处理文档；相比之下，knitting更加可靠（请参见?knitr::purl中的注意事项部分）。

- Yihui Xie

好的，从某种程度上来说这很有用并且十分明确。然而，我对于为什么“purl”是一个选项感到困惑。我真的看不出它有什么用处。 - Thomas

@Thomas 这只是出于历史原因（文学编程，编织，交错等等）。现在我发现它完全没有用处。 - Yihui Xie

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可以查看英文原文，
原文链接

- antonio · Accepted Answer

根据Yihui的反馈，应该按照以下方式进行：

```{r setup, purl=FALSE}
knit_hooks$set(purl = hook_purl)
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE))
opts_template$set(dopurl = list(purl=TRUE))
```

```{r test}
print(1)
```

```{r test2, opts.label='nopurl'}
print(2)
```

```{r test3, opts.label='dopurl'}
print(3)
```

采用这种方法，您不需要：

purl('test.Rmd')

你只需要：

knit('test.Rmd')

并获取通常的test.md和test.R文件。后者如下：

## ----test----------------------------------------------------------------
print(1)

## ----test3, opts.label='dopurl'------------------------------------------
print(3)

如您所见，给定knit_hooks$set(purl = hook_purl)，块的默认行为是编织。

在实际使用中，nopurl和dopurl将收集更多选项以与（无）编织一起设置。
无论如何，在考虑以下注意事项时：

N.B.不能保证由'purl()'生成的R脚本可以复制'knit()'中执行的计算。'knit()'过程可能相当复杂（块选项的特殊值，自定义块钩子，除R之外的计算引擎和'envir'参数等）。如果要在由'knit()'生成的报告中复制计算，请务必使用'knit()'而不仅仅执行由'purl()'生成的R脚本。这似乎很明显，但有些人就是不明白。

因此，似乎明智始终使用knit_hooks$set(purl = hook_purl)并在不需要编织时设置purl=FALSE。