Sweave、Knitr和Rmarkdown：代码块头部

Question

我正在尝试理解、和之间的关系。通过查看代码和示例，我遇到了两种类型的代码标题，但我不知道它们属于哪种语言/包。

这些标题是：

```{}
```

和

<<>>=
@

1. 它们之间有什么区别？
2. 它们与rmarkdown、sweave和knitr有什么关系？
3. 如果我在一个.rnw文件上工作，我在使用哪个？

- Zweifler

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@r2evans 对于让您感到困惑的问题，我很抱歉，但是 knitr 从一开始就支持 Sweave，并且现在仍然支持它。您提到的文档说完全兼容性已经被删除，这只意味着某些 Sweave 块选项不再受支持。.Rnw 格式仍然得到良好的支持。 - Yihui Xie

@YihuiXie，非常抱歉，我只是快速浏览了一下评论，没有完全阅读它（这次）。感谢您纠正我的错误。 - r2evans

除非我弄错了，区别在于：\``{}用于rmarkdown，而 <<>>=用于sweave`。 - r2evans

Zweifler，我认为它更像是一种对“正常 LaTeX”进行标记的东西，提供了代码执行功能（简单来说），不过我在sweave方面并不是专家。说实话，我从来没有真正使用过它……在我知道sweave之前，我就已经在使用R和LaTeX，然后直接跳入了rmarkdown。使用sweave肯定有优点，尤其是能够控制LaTeX中不支持Markdown的内容。 - r2evans

@r2evans，您上面的理解完全正确，所以请随意发表答案。如果有任何需要进一步澄清的事情，我很乐意参与讨论。谢谢！ - Yihui Xie

Answer 1

无论是Sweave还是R Markdown，都提供了运行R、Python和其他编程语言的任意代码的能力。它们各自的优缺点各不相同，以下是一个快速比较：

R Markdown :

• 典型的文件扩展名： .rmd(不区分大小写)，也可能是.rmarkdown

• 支持R，Python和其他几种语言

• 输出为HTML、docx、LaTeX(因此可以生成PDF)，以及其他几种输出格式

• 使用三个反引号用于代码块划分

  Regular text.

  ```{r chunkname, chunkoptions, ...}
  a <- 1
  ```

  ```{python pychunk, chunkoptions, ...}
      def myfun(v: list) -> list:
      """
      Something important in this docstring.
      """
      return [a+1 for a in v]
  ```

  More regular text.

由于它基于markdown，因此在交叉引用、表格控制等方面存在一些限制；有许多软件包和已知的缓解技术可以解决这些问题（太多了，无法在此列出）。然而，您可以在markdown中使用直接的LaTeX格式，因此输出到PDF时也可以享受到这种控制（尽管LaTeX代码不会翻译成其他输出格式）。

Sweave:

• 典型的文件扩展名包括.rnw（不区分大小写），我见过.noweb （不确定是否完全正确...）

• 支持R语言，如果可以通过R语言（例如通过reticulate）访问其他语言，则可能还支持其他语言

• 输出到LaTeX，因此可以生成PDF

• 使用<<>>=和@来标记代码块:

  Regular text.

  <<chunkname, chunkoptions, ...>>=
  a <- 1
  @

  More regular text.

因为它直接基于 LaTeX，所以您可以更好地控制格式、交叉引用等。

knitr

• 可以处理sweave和rmarkdown格式的文件
• 一些需要进行 sweave 预处理的情况可能需要（例如使用 Sweave2knitr），参考：https://yihui.name/knitr/demo/sweave/
• knitr 的理由是“解决 Sweave 中存在已久的一些问题，并将其他插件包中的特性合并到一个包中（knitr ≈ Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + animation::saveLatex + R2HTML::RweaveHTML + highlight::HighlightWeaveLatex + 0.2 * brew + 0.1 * SweaveListingUtils + more）。”

- r2evans