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使用h5py创建的HDF5文件无法被h5py打开。

我在Ubuntu 12.04(32位版本)下使用Anaconda作为Python发行版,在ipython笔记本中编写,似乎毫无问题地创建了一个HDF5文件。底层数据都是numpy数组。例如:import numpy as np import h5py f = h5py.File('myfil...

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关闭一个打开的h5py数据文件

在我们的实验室中,我们通过Python包h5py将数据存储在hdf5文件中。 在实验开始时,我们创建一个hdf5文件,并将各种数据数组存储到文件中(除其他内容外)。当实验失败或中断时,文件未能正确关闭。因为我们的实验是从iPython运行的,所以数据对象的引用仍然保留在内存中(某个地方)。 ...

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如何使用h5py区分HDF5数据集和组?

我使用Python包h5py(版本2.5.0)来访问我的hdf5文件。我想遍历一个文件的内容,并对每个数据集执行某些操作。使用visit方法:import h5py def print_it(name): dset = f[name] print(dset) prin...

20得票8回答
在Google Cloud Bucket中保存Keras模型检查点

我正在使用Keras和TensorFlow后端在Google Cloud机器学习引擎上训练LSTM网络。经过一些调整,我成功地部署了我的模型并执行了一个成功的训练任务。然后,我尝试使用Keras ModelCheckpoint回调 使我的模型在每个epoch后保存检查点。在本地使用Google...

20得票1回答
如何使用Python部分复制Hdf5文件到一个新文件并保持相同的结构?

我有一个大的hdf5文件,看起来类似于这样:A/B/dataset1, dataset2 A/C/dataset1, dataset2 A/D/dataset1, dataset2 A/E/dataset1, dataset2 我想创建一个只包含以下内容的新文件: A/B/dataset1, ...

19得票3回答
HDF5文件中名称中的 '/' 符号引起的混淆

我正在经历一些非常奇怪的交互问题,涉及到 h5py、PyTables(通过 Pandas)和 C++ 生成的 HDF5 文件。似乎,h5check 和 h5py 可以处理包含“/”的类型名称,但是 pandas/PyTables 却不能。显然,我的理解存在差距,因此: 我在这里没有理解什么?...

19得票3回答
如何将<hdf5 object reference>类型的数据转换为Python中更易读的格式?

我有一个相当大的数据集。所有信息都存储在hdf5格式文件中。我发现了Python的h5py库。一切都正常工作,除了最后一句话。 [&lt;HDF5 object reference&gt;] 我不知道如何将它转换成更易读的形式。我能做到吗?因为这个问题的文档对我来说有点难懂。 也许还有其...

19得票6回答
如何通过h5py读取v7.3 mat文件?

我有一个由Matlab创建并以v7.3格式存储在.mat文件中的结构数组:struArray = struct('name', {'one', 'two', 'three'}, 'id', {1,2,3}, 'da...

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h5py:对数组数据集进行切片的正确方法

我有点困惑: 据我所知,h5py的.value方法会读取整个数据集并将其转储到数组中,这很慢且不被鼓励(通常应该用[()]替代)。正确的方法是使用类似于numpy的切片。 然而,我得到了令人恼火的结果(使用h5py 2.2.1):import h5py import numpy as np...

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如何使用h5py遍历一个hdf5文件

我如何使用h5py遍历hdf5文件中的所有组和数据集? 我想要使用for循环或类似的方法从共同的根目录检索文件的所有内容。