使用facet_grid在ggplot2中进行成对值（热图）可视化

Question

使用facet_grid在ggplot2中进行成对值（热图）可视化

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我有包含10个样本的数值对数据：

data = dget(url("https://git.io/vCTpG"))

数据看起来像这样：

sampleB  sampleA  ol   labelA  labelB  facetA  facetB
2409     2409     100  2409|B  2409|B  B       B
2409     2413     0    2413|A  2409|B  A       B
2409     2414     0    2414|A  2409|B  A       B
2409     2417     0    2417|C  2409|B  C       B
2409     2411     0    2411|A  2409|B  A       B
2409     2418     0    2418|B  2409|B  B       B
2409     2416     0    2416|C  2409|B  C       B
2409     2412     4    2412|B  2409|B  B       B
2409     2415     0    2415|C  2409|B  C       B
2409     2410     19   2410|A  2409|B  A       B
...      ...      ...  ...     ...     ...     ...

我想将ol的值可视化为热力图：

library(ggplot2)
ggplot(data = data, mapping = aes(x=labelA, y=labelB)) + 
  geom_tile(mapping = aes(fill=ol)) +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "black") + 
  theme(legend.position = "none") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))

现在，我想将这个10x10的热力图按照每个样本所关联的类别（在此示例中为A,B或C）进行结构化。但是，如果我使用facet_grid...

last_plot() + facet_grid(facetA~facetB)

...这将导致一个30x30的热图，而不是一个被分成3个类别的10x10的热图（仍然只显示100个值）。我记得使用以下方法进行了修复：

last_plot() + facet_grid(facetA~facetB, scales = "free", space = "free")

然而，过去我无法再次重现这个结果。希望得到的解决方案应该像这样（这是通过图像编辑器制作的，不是 ggplot 生成的）:

即一个重新排序、分组为10x10矩阵的图像。

- barbaz

1

你能详细说明你期望看到什么吗？现在看起来相当正确：你的完整图片是所有切面图片之和。例如，在A面与C面的 2409|B 上，你期望看到什么？自然地，它是空白的。 - tonytonov

@tonytonov 我添加了一张手动创建的图片，以更好地解释所需的结果。 - barbaz

1

有趣的是，改变分面顺序可以让你接近 last_plot() + facet_grid(facetB~facetA, scales = "free")。 - user20650

@user20650 哇，这正是我想要的...但是...为什么？ - barbaz

1

我怀疑这是ggplot中的一个小错误（或不一致性），可能是最近引入的。 - tonytonov

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1个回答

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- konvas · Accepted Answer

你需要使用 facet_wrap() 代替 facet_grid()，或按照评论中的建议改变 facet_grid() 中的分面顺序。

原因在于，根据定义，facet_grid 不允许在同一行的面板中 y 轴限制不同。换句话说，在顶部行中的所有三个面板必须具有相同的 y 轴限制，在第二行中的所有三个面板必须具有相同的 y 轴限制，以此类推。添加 scales = "free_y" 表示第一行可以具有与第二行不同的 y 轴限制（但在给定行内，所有面板始终必须具有相同的 y 轴限制）。在你的例子中，当你使用

facet_grid(facetA ~ facetB, scales = "free")

你正在强制ggplot在所有行中使用所有y值；例如，顶部行的左侧面板必须包含值2418 | B，因为该值存在于顶部行的中间面板中。在使用scales = "free_x"时，对分面顺序进行反转恰好完成了此任务，因为你的数据结构如此。

如果你想要每个面板都有不同的独立x和y比例尺，而不管相邻的面板，你需要使用facet_wrap。

编辑：如何获得所需的图形的更详细说明。回到你的具体示例，反转您的分面将给出

p <- ggplot(data = data, mapping = aes(x=labelA, y=labelB)) + 
    geom_tile(mapping = aes(fill=ol)) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "black") + 
    theme(legend.position = "none") +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) + 
    facet_grid(facetB ~ facetA, scales = "free")
p

这里包含了您需要的所有面板。要按照您所要求的顺序排列，只需重新排列行即可。可以通过设置facetB级别的顺序（编辑：或者如评论中@user20650所建议的那样，在facet_grid()中设置as.table=FALSE）来实现：

data1 <- data    
data1$facetB <- factor(data1$facetB, levels = c("C", "B", "A"))
p %+% data1