在ggplot2热图中添加树状图

Question

我是一名新的R用户。我正在尝试在使用ggplot2创建的热力图中添加一个树状图。我该怎么做？我已经将我的代码添加到了下面的热力图中。

#Mtcars using ggplots and reshape2 
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
intall.packages("reshape2")
library(reshape2)
data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)] #subset to 6 genres

cor(Cars) # 6x6 cor matrix

#ggplot likes the data 'melted' one value per row
m <-melt(cor(Cars)) 
p <- ggplot(data=m, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile()
p

#set up a coloring scheme using colorRampPalette
red=rgb(1,0,0); green=rgb(0,1,0); blue=rgb(0,0,1); black=rgb(0,0,0)
RtoBrange<-colorRampPalette(c(red, black ) )
BtoGrange<-colorRampPalette(c(black, green) ) 

p <- p + scale_fill_gradient2(low=RtoBrange(100), mid="black",           high=BtoGrange(100))
p

感谢您的帮助，

夏洛特

- Charlotte

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也许 ggdendro 包可以帮助你完成这个任务？ - Warner

这里有一个很好的例子，使用ggdendro和plotly进行展示，链接在这里：https://plot.ly/ggplot2/ggdendro-dendrograms/。 - Matt Sandgren

@MattSandgren 我建议你看看 dendextend。它有一个用于使用 ggplot2 创建树状图的分支，可以保留树的颜色和线宽等图形参数。请参见此处：https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/introduction.html#ggplot2-integration - Tal Galili

Answer 1

使用gplots包中的heatmap.2函数（https://cran.r-project.org/web/packages/gplots/gplots.pdf），该函数会自动将树状图添加到您的热力图中。使用您的示例：

install.packages("gplots")
library(gplots)

data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)]

mycolors <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))
heatmap.2(cor(Cars), trace = "none", col = mycolors)

- mshum

Answer 2

这有点棘手，因为并非所有的部分都准备就绪，但这是我在heatmaply中开始的工作目标。如果您想要与plotly一起创建带有树状图的交互式热力图，那么您应该查看heatmaply vignette。

如果您对静态热力图感兴趣，我认为现有的软件包已经做得很好了，所以重复发明轮子可能没有意义。但如果这仍然是您想要做的事情，以下是主要步骤：

1.生成树状图对象 2.在ggplot2中绘制树状图对象 3.以尊重行（或来自树状图的列）顺序的方式创建热力图 4.合并对象。

第一步可以使用hclust和as.dendrogram，第二步需要使用dendextend的[as.ggdend][2]函数。第三步可以使用heatmaply::heatmapr + heatmaply:::ggplot_heatmap（目前已隐藏，但将来会为此类事情展示出来）。第四步比较棘手，我迄今为止无法使其工作得“足够好”，因为元素的比例不好。

我将其封装成了一个新的ggheatmap函数，并将其上传到github上的heatmaply。但这需要更多的工作，所以我接受拉取请求。同时，以下是如何操作的：

devtools::install_github("ropensci/plotly") # you will probably benefit from the latest version of plotly
devtools::install_github('talgalili/heatmaply')

library(heatmaply)
x <- heatmapr(iris[,-5], scale = "column", colors = "Blues")
ggheatmap(x)

输出结果如下：

由于我正在使用GGally :: ggmatrix，似乎无法控制每个对象的比例。 在其他方面可能还有更多要做（例如处理标签的布局，在侧面添加颜色图例等）

- Tal Galili

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ggheatmap is not in heatmaply any more, right? it was in version 0.8.3 but not in the current 0.11.1 - deeenes

嗨@deeenes，这是正确的。 ggheatmap函数已被删除，因为它还不够完善。然而，您可以使用“file”参数将heatmaply交互式输出保存为静态文件。我也添加了一个问题，也许将ggheatmap在未来重新添加回去... https://github.com/talgalili/heatmaply/issues/108 - Tal Galili

Answer 3

或者尝试使用heatmap3函数：

library(heatmap3)
Cars <- mtcars[c(1:7)]
heatmap3(cor(Cars), scale = "none", sym = T)

- Roman

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heatmap3很棒 - 但它不是基于ggplot2的。 - Tal Galili

是的，你说得完全正确。也许他不想重复造轮子。否则，你的方法似乎是一个解决方案。 - Roman

同意。 :) （我也更喜欢使用现有的解决方案） - Tal Galili