在R中使用自己的颜色为一些值绘制热力图

Question

以下是数据：

set.seed(123)
mat <- matrix(rnorm(5000, 0.5, 0.2), 50)
heatmap (mat)

mat[mat > 0.05] <- NA
heatmap (mat)

Error in hclustfun(distfun(x)) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

通过替换其他值（任意值可以帮助）但会欺骗读者，因为它将从相同的比例尺中选择颜色，这是不正确的。因此，我想为那些大于0.05的值放置完全不同的颜色。

mat[mat > 0.05] <- 0.1
heatmap (mat)

- jon

Answer 1

也许...

library(gplots)
set.seed(123)
mat <- matrix(rnorm(5000, 0.5, 0.2), 50)
heatmap.2(mat, breaks=c(-1,0.02,0.05,1), col=c("yellow", "red", "blue"), 
# aiming for >0.05 is blue
dendrogram="both", trace="none")

基本上玩弄 col= 和 breaks=

看起来像这样:

- user1317221_G