为热力图设置颜色比例尺

Question

我正在尝试使用热图比较数据。我希望将颜色比例设置为所有数据的相同。例如，所有值都在-0.5到0.5的比例上。

我一直在使用gplots中的redgreen(50)，但是不同数据集的颜色强度会重新调整。

例如： 我的r.matrix可能范围从-1到+1；而我的r1.matrix可能范围从-0.2到+0.2。通过绘制这两个热图，如果采用相同的颜色比例，我期望r1.matrix的颜色会更暗淡。

hm <- heatmap(r.matrix, Colv = NA, col = redgreen(50))
hm1 <- heatmap(r1.matrix, Colv = NA, col = redgreen(50))

颜色比例尺将跨越数据范围，因此对于数据范围从-1到+1的相同红绿（50），它将是相同的红色或绿色，并且对于在-.2到+.2范围内的数据也是如此。让颜色跨越[-1,1]的数据范围在[-.2，.2]范围内变化的原因是为了能够可视化数据的差异，而不必查看或知道数据范围--这是一个探索性步骤。

- user2783615

Answer 1

命令redgreen(50)与您实际的值无关，并返回一个由50种颜色组成的向量。您可以使用此颜色向量并从中提取一个子集来适应您的第二个矩阵。

一个例子：

set.seed(1)
r.matrix <- matrix(runif(16, -1, 1), 4, 4)
r1.matrix <- r.matrix / 5

r1.matrix 矩阵中的值是 r.matrix 值的五分之一。

现在，可以按照以下方式创建颜色向量：

library(gplots) 

rg <- redgreen(50)      # the original color vector

# range of values in first matrix around median
r1 <- range(r.matrix) - median(r.matrix)
# range of values in second matrix around median
r2 <- range(r1.matrix) - median(r1.matrix)
# relative distances to median of second compared to first matrix
prop <- r1 / r2

# center of colcor vector
cent <- length(rg) / 2 + 0.5

# calculate indices of shorter color vector for the second matrix
ind <- cent / prop
idx <- round(cent - c(1, -1) * ind)

# new color vector
rg_new <- rg[Reduce(seq, idx)]

使用这些向量来着色热图：

heatmap(r.matrix, Colv = NA, col = rg)

heatmap(r1.matrix, Colv = NA, col = rg_new)

第二个热力图中的颜色范围比第一个热力图中的范围小。

- Sven Hohenstein

---

感谢Sven Hohenstein--颜色范围将跨越数据范围，因此使用相同的redgreen(50)，对于从-1到+1的数据范围以及从-.2到+.2的数据范围，它将是相同的红色或绿色。但是让颜色跨越[-1,1]在数据范围[-.2，.2]上的原因是为了能够可视化数据之间的差异。两组数据之间的差异有多大是未知的... - user2783615

@user2783615 我更新了答案。现在，可以创建第二个颜色向量，而无需事先知道矩阵2的范围（但它必须更小）。 - Sven Hohenstein

非常感谢Sven！你的解决方案很好。我最终将所有后聚类矩阵合并，并在它们之间添加了空列，然后一起绘制，以便将它们放在相同的比例尺上。无论如何，这提供了良好的视觉辅助。 - user2783615