在R中如何绘制漂亮的树状图？

Question

我的树状图非常丑陋，几乎难以阅读，通常看起来像这样：

library(TraMineR)
library(cluster)
data(biofam)
lab <- c("P","L","M","LM","C","LC","LMC","D")
biofam.seq <- seqdef(biofam[1:500,10:25], states=lab)

ccost <- seqsubm(biofam.seq, method = "CONSTANT", cval = 2, with.missing=TRUE)
sequences.OM <- seqdist(biofam.seq, method = "OM", norm= TRUE, sm = ccost,     
with.missing=TRUE)

clusterward <- agnes(sequences.OM, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2)

我想要创建的东西类似于以下内容，即一个圆形树状图，在其中可以仔细控制标签的大小，以便它们实际上可见： 我该如何在R中实现这个功能？

- histelheim

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为什么有人会对这个问题点踩，我真的不理解。 - Rich Scriven

@RichardScriven - 你怎么看出它被踩了？我只能看到总票数。 - histelheim

我认为特权随着1k声望而来。 - Rich Scriven

Answer 1

以下方案可能不是最优解，但值得一试：

library(ape)
CL1 <- as.hclust(clusterward)
CL2 <- as.phylo(CL1)
plot(CL2, type="fan", cex=0.5)

显然主要问题是有太多的对象，因此有太多的标签。要关闭标签，请使用参数show.tip.label=FALSE。您还可以通过使用no.margin=TRUE来消除边距，以占用整个设备：

plot(CL2, type="fan", show.tip.label=FALSE, no.margin=TRUE)

- plannapus

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你能否也关闭标签？鉴于重叠情况，它们对图表的信息贡献不大。 - histelheim

这可能超出了范围，但是有没有简单的方法来剪枝树？我已经尝试过 cutree 以及 as.hclust 的 members 参数，但似乎无法使其工作。 - histelheim

@histelheim，你最好提出一个新问题，这样更多的人就能回答你了。现在我还不确定最好的方法是什么。 - plannapus

你还有很多巧妙的解决方案适用于这个问题，这可能会对你有所帮助。 - plannapus