使用ggplot2仅将一个轴转换为对数刻度

Question

使用ggplot2仅将一个轴转换为对数刻度

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我有以下问题：我想在一个箱线图上可视化一个离散变量和一个连续变量，其中后者具有一些极高的值。这使得箱线图没有意义（点甚至是图表的“主体”都太小了），所以我想在log10比例尺上显示它们。我知道我可以从可视化中省略极端值，但我并不打算这样做。

让我们通过钻石数据看一个简单的例子：

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color))

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这里的问题并不严重，但我希望你能想象为什么我想看到对数10刻度上的值。让我们试一试：

m + geom_boxplot() + coord_trans(y = "log10")

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从图中可以看出y轴是以log10为标度的，看起来不错，但是x轴存在问题，这使得绘图非常奇怪。

如果使用scale_log则不会出现问题，但是对于我来说这不是一个选项，因为我不能以这种方式使用自定义格式化程序。例如:

m + geom_boxplot() + scale_y_log10()

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我的问题是：有没有人知道如何绘制log10比例尺的箱线图，其标签可以自由格式化为像此贴中的formatter函数？

编辑问题以帮助回答者基于答案和评论：

我真正想要的是：一个log10转换轴（y）以非科学标签进行标注。我想要将其标记为dollar (formatter=dollar)或任何自定义格式。

如果我尝试@hadley的建议，我会收到以下警告：

> m + geom_boxplot() + scale_y_log10(formatter=dollar)
Warning messages:
1: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

保持y轴标签不变：

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- daroczig

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那是coord_trans中的一个错误 - 但你可以指定自定义标签到scale_y_log10... - hadley

谢谢@hadley，我可能错过了什么，但是例如+ scale_y_continous(formatter=dollar)就不起作用。我看不到任何给定格式化程序的结果，而且我还收到了三个In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf警告消息。 - daroczig

@daroxzig：我看到的格式化程序参数示例都涉及引号括起来的名称，所以也许可以使用formatter="dollar"？ - IRTFM

@DWin：我也试过加引号，但结果完全一样。 - daroczig

2

格式化程序还没有工作（但是您仍然可以手动设置标签...） - hadley

@hadley：我也会关注这个（手动/自定义标签）的。现在，看起来数据转换和“scale_y_continuous”格式化程序解决了问题。谢谢！ - daroczig

4个回答

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我遇到了类似的问题，这个比例尺对我非常有用：

breaks = 10**(1:10)
scale_y_log10(breaks = breaks, labels = comma(breaks))

如果你想要中间级别（10^3.5），你需要调整格式：

breaks = 10**(1:10 * 0.5)
m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color)) + geom_boxplot()
m + scale_y_log10(breaks = breaks, labels = comma(breaks, digits = 1))

执行后：

输入图像描述

- Susanne Oberhauser

我刚刚注意到这个非常相似的问题有相同的解决方案。 - Susanne Oberhauser

2

感谢您指出这个备选方案，它可以通过指定简单的“dollar”格式化程序或编写自定义格式化程序来完善：+ scale_y_log10(breaks = breaks, labels = dollar(breaks))。谢谢。 - daroczig

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使用scale_y_log10 和 trans_breaks，trans_format以及annotation_logticks()的另一种解决方案。

library(ggplot2)

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color))

m + geom_boxplot() +
  scale_y_log10(
    breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
    labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
  ) +
  theme_bw() +
  annotation_logticks(sides = 'lr') +
  theme(panel.grid.minor = element_blank())

- Tung

2

非常优美的输出 - Cris

2

2020年，这是第一个复制、粘贴并且能够正常工作的答案。（是的，我尝试了所有方法。）谢谢！ - DomQ

2

我认为最后通过在可视化之前对数据进行一些手动转换，我终于搞清楚了：

d <- diamonds
# computing logarithm of prices
d$price <- log10(d$price)

并编写一个格式化程序，以便稍后计算“回溯”对数数据：

formatBack <- function(x) 10^x 
# or with special formatter (here: "dollar")
formatBack <- function(x) paste(round(10^x, 2), "$", sep=' ')

使用给定的格式绘制图形：

m <- ggplot(d, aes(y = price, x = color))
m + geom_boxplot() + scale_y_continuous(formatter='formatBack')

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很抱歉向社区提出一个我本可以在之前解决的问题！有趣的是：一个月前我曾经努力让这个图表工作，但没有成功。在这里问了之后，我终于得到了答案。

无论如何，感谢@DWin的鼓励！

- daroczig

我认为格式化程序现在已更改为标签 => https://dev59.com/bmkw5IYBdhLWcg3wGGm8 - Bernie2436

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可以查看英文原文，
原文链接

- IRTFM · Accepted Answer

最简单的方法就是在scale_x_continuous或scale_y_continuous的'trans'（以前称为'formatter'）参数中指定所需的对数函数名称：

library(ggplot2)  # which formerly required pkg:plyr
m + geom_boxplot() + scale_y_continuous(trans='log10')

编辑：或者如果您不喜欢那个选项，那么以下任何一个似乎都会给出不同但有用的结果：

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color), log="y")
m + geom_boxplot() 
m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color), log10="y")
m + geom_boxplot()

编辑2 & 3：进一步的实验（排除那个试图在记录的值前成功放置“$”符号的实验后）：

# Need a function that accepts an x argument
# wrap desired formatting around numeric result
fmtExpLg10 <- function(x) paste(plyr::round_any(10^x/1000, 0.01) , "K $", sep="")

ggplot(diamonds, aes(color, log10(price))) + 
  geom_boxplot() + 
  scale_y_continuous("Price, log10-scaling", trans = fmtExpLg10)

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2017年中期添加的注释关于包语法变更：

scale_y_continuous(formatter = 'log10') 现在变成了 scale_y_continuous(trans = 'log10') (ggplot2 v2.2.1)