子架构“R”未安装（在某些CRAN软件包安装的RStudio中）

Question

我正在使用Mac OSX (版本10.9.5)上的RStudio（版本0.99.484）和R（版本3.2.3）。

不幸的是，我无法回忆起是否做了什么导致这些变化，但自大约两周前起，每当我尝试从CRAN安装特定软件包时，我会使用通常的语法：

install.packages("packageName")

我在RStudio中收到错误信息。以下是一个新包的示例，我在其中遇到了此问题：

install.packages("plotly")

给我报错信息：

  There is a binary version available but the source version is later:
       binary source needs_compilation
plotly 2.0.16  3.4.1             FALSE

installing the source package ‘plotly’

  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0  0   343    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0
 38 1039k   38  399k    0     0  1724k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 1724k100 1039k  100 1039k    0     0  3376k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 8521k
* installing *source* package ‘plotly’ ...
** package ‘plotly’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Warning: package ‘ggplot2’ was built under R version 3.2.4
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
*** arch - R
ERROR: sub-architecture 'R' is not installed
*** arch - x86_64
Warning: package ‘ggplot2’ was built under R version 3.2.4
ERROR: loading failed for ‘R’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/plotly’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘plotly’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/vn/lhzbs8ds6xbg965nnfcj6ftm0000gn/T/RtmpmyVFR4/downloaded_packages’

这个问题发生在不止一个软件包上（而且似乎突然出现，过去两周内）。但并非所有软件包都会出现这个问题。我想知道如何解决这个问题，因为我使用的是RStudio、Mac OSX和R等工具。当我在谷歌搜索我的错误信息“sub-architecture 'R' is not installed”时，几乎找不到相关资源。

运行R.Version()后：

$platform
[1] "x86_64-apple-darwin13.4.0"

$arch
[1] "x86_64"

$os
[1] "darwin13.4.0"

$system
[1] "x86_64, darwin13.4.0"

$status
[1] ""

$major
[1] "3"

$minor
[1] "2.3"

$year
[1] "2015"

$month
[1] "12"

$day
[1] "10"

$`svn rev`
[1] "69752"

$language
[1] "R"

$version.string
[1] "R version 3.2.3 (2015-12-10)"

$nickname
[1] "Wooden Christmas-Tree"

- user1830307

---

尝试运行 utils::install.packages("packageName") 以安装包。 - jangorecki

@luckButtered 这可能是与RStudio相关的问题，RStudio替换了默认的install.packages（在RStudio中键入install.packages和utils::install.packages）。 RStudio可能会在devtools::install_github中使用相同的过程，这就是为什么您可能会从那里获得相同的错误。但我只是猜测。 - jangorecki

你可以尝试在保存所有现有的软件包后重新安装Rstudio。 - Bas

你尝试过从源代码重新安装这些软件包吗？请注意，在Mac OS X上，您需要安装命令行工具。 - Roland

尝试使用依赖项和类型。首先尝试不使用类型，仅使用依赖项：install.packages("packageName", type="mac.binary", dependencies=TRUE) - Nejc Galof

您IP地址为143.198.54.68，由于运营成本限制，当前对于免费用户的使用频率限制为每个IP每72小时10次对话，如需解除限制，请点击左下角设置图标按钮（手机用户先点击左上角菜单按钮）。 - takje

Answer 1

在查看Plotly的依赖关系时，似乎需要使用R≥3.1版本的ggplot2。因此只需将基础R更新到版本3.1或更高版本即可正常工作。这不是你的Rstudio，而是你的基础R非常重要且不同。

如果一切都失败了，请尝试安装到Windows 10、Rstudio版本0.99.892和R 3.2.4，因为我无法使用这些最新版本复制此问题。

- Michael O'Neil Patrick Harris