CRAN软件包依赖于Bioconductor软件包，安装出现错误。

Question

我负责管理描述文件中的依赖关系、建议和导入，并最终将软件包提交到CRAN。但是在安装软件包时，它仅安装存储在CRAN下的软件包，而不支持bioconductor软件包。此外，在Mac OS上存在软件包依赖错误： 查看Mac OS日志

问题可能是什么？如何解决呢？

此致敬礼,

- Mikael

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这个问题似乎更适合在Rd（r-devel邮件列表）上提问。 - IRTFM

我对@DWin的看法持有不同意见；如果存在错误，那么问题出在CRAN上，这样的讨论不应该出现在那里，最终会被忽略。CRAN有自己的电子邮件地址。 - Gavin Simpson

@GavinSimpson CRAN-club 的第一条规则是不要谈论 CRAN-club。 - hadley

你应该将@chris kennedy的回答视为正确答案。 - Marcin

Answer 1

在R 3.0.2版本中，以下内容可以运行：

setRepositories(ind=1:2)

在撰写本文时，变量 ind 可以取值为介于 1 和 8 之间的向量，具体含义如下：

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

通过调用setRepositories(graphics=F)获得此列表，它还允许交互式选择要安装的软件包仓库。

- krlmlr

Answer 2

这个技巧没有在任何地方记录，但是方法是在您的 DESCRIPTION 文件中添加一行说 biocViews: （是的，它以冒号结尾，然后无需列出任何内容，您可以保持它为空白）。然后 R 将知道在 bioconductor 存储库中检查软件包的要求。

- Chris Kennedy

Answer 3

对于 R 中的 install.packages() 方法，没有默认安装 Bioconductor 的机制（至少不是默认情况，如果正确调用，则可能会允许 BioC 有仓库基础设施）。 （请参见 Martin Morgan（下面）的评论，在其中可以找到配置 R 以便install.packages() 可以从 Bioconductor 存储库中安装的说明。）

要安装 Bioconductor 包，通常需要执行以下操作：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

需要独立完成的工作，不能依赖于install.packages()。

Mac OS X检查时出现错误，可能是特定服务器上的配置错误。正如@DWin所说，您应该与CRAN联系，以解决这个特定问题的根源。据我所知，CRAN应该安装了所有Bioconductor软件包。

- Gavin Simpson

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通过标准方式选择Bioconductor仓库，请参阅?setRepositories（然后install.packages工作）或在上面的source行之后使用install.packages(...,repos=biocinstallRepos())安装Bioconductor包，或者使用biocLite("foo")从CRAN（实际上是getOption("repos")）或Bioconductor安装foo。 - Martin Morgan

你会认为CRAN能够自动获取和安装这些软件包。从用户的角度来看（特别是那些不完全熟悉R的用户），需要单独安装bioconductor软件包是间接的和令人困惑的。为什么没有解决方案呢？ - Omar Wagih