在Windows上使用Rpy2

Question

我想在我的Windows机器上安装rpy2，但它给了我以下著名的错误：

      self.convert_pycparser_error(e, csource)
      File "c:\users\96171\appdata\local\temp\pip-install-lxsxk7q4\rpy2\.eggs\cffi-1.14.0-py3.6-win-amd64.egg\cffi\cparser.py", line 336, in convert_pycparser_error
        raise CDefError(msg)
    cffi.CDefError: cannot parse "void __cffi_extern_python_start; void _capsule_finalizer(SEXP); void __cffi_extern_python_stop;"
    <cdef source string>:495:96: Illegal character '\r'

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in C:\Users\96171\AppData\Local\Temp\pip-install-lxsxk7q4\rpy2\

我已经完成了以下工作：

• 升级设置工具
• 将pip升级到最新版本

我遵循了此链接中有关在Windows上安装rpy2的说明，并且他们说我们必须下载预编译二进制文件才能使其正常工作。

我从此链接下载了如下wheel： rpy2‑2.9.5‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl，但我仍然遇到麻烦；我按照以下步骤进行操作：

• 在下载wheel的目录中以管理员身份打开cmd
• 设置%R_USER%为我的用户名，如下所示: R_USER C:\Users\my_username 但是我收到以下错误信息：

ERROR: rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.

在二进制文件的网站上，他们说:

Rpy2（已停止使用，不稳定）：提供访问用于统计计算和图形的R软件环境。需要R 3.3，而我在我的系统上使用的是R 3.6.2。这导致错误吗？

- Perl Del Rey

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所有从二进制网站下载的wheel文件必须符合您的机器（操作系统、32/64位架构、Python版本）。 - Parfait

Answer 1

新答案
问题在于我下载了错误的wheel文件。cp37表示CPython 3.7，而我系统上安装的是python 3.6。我下载了rpy2-2.9.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl而不是rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl，这样就可以运行了。

此外，我在 Python 脚本中遇到了 R_USER 和 R_HOME 的问题，因此我进行了以下操作：

import os
# see the following 2 lines
os.environ['R_HOME'] = 'C:/Program Files/R/R-3.6.2'
os.environ['R_USER'] = 'C:/Users/96171/AppData/Local/Programs/Python/Python36/Lib/site-packages/rpy2' #path depends on where you installed Python. Mine is the site packages of the regular python installation, it could have been Anaconda

# importing rpy2
import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r['source']('sample_r.r')

参考资料：这里 更新：
为了避免使用os calls，我将R_USER和R_HOME添加到系统变量的环境变量中，以达到所需的行为。

• R_USER：C:\Users\96171\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Lib\site-packages\rpy2
• R_HOME：C:\Program Files\R\R-3.6.2

- Perl Del Rey

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如果您拥有管理员权限，可以永久设置这些环境变量并避免使用“os”调用。 - Parfait