rpy2构建轮失败

Question

我正在运行Python v2.7.8和R v3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"，操作系统是基于Ubuntu 14.04的elementary OS Freya 64位。

我正试图使用以下命令安装rpy2包：

pip install rpy2

当我尝试安装rpy2时，出现以下错误：

rpy2构建wheel失败

接下来，我看到了以下信息：

错误：命令'gcc'退出状态1

完整的输出在这里。

我已经尝试过：

sudo apt-get install python-dev libevent-dev python3-dev

但错误仍然存在。

我知道 pip 是有效的，因为我已经使用它安装了 numpy、matplotlib、scipy 和其他软件包。

- Gabriel

Answer 1

在这篇文章中找到了答案。我只需要将R从v3.0.2升级到适用于我的系统的最新版本（v3.2.1）。

步骤1：卸载先前的R-base安装

sudo apt-get remove r-base-core

Step 2: Update Sources.List File

1. Edit the sources.list file

   sudo gedit /etc/apt/sources.list
   

2. Add following entry (for Ubuntu 14.04):

   deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/
   

Step 3: Add the Public Keys

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

步骤四：安装R语言基础平台

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install r-base

步骤5：安装rpy2

pip install rpy2

- Gabriel

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这个解决方案（将R从v3.0.2升级到v3.2.1）解决了我在Mac（Mavericks）上遇到的同样问题。我没有执行步骤1-4，只是安装了新版本的R，然后以root身份运行pip install rpy2。 - Kappa

Answer 2

全面的输出中指出了这一点。

这与R的编译和/或安装有关。Rpy2期望找到一个无法找到的头文件：

   ./rpy/rinterface/r_utils.c:32:31: fatal error: R_ext/Rallocators.h: No existe el archivo o el directorio
 #include <R_ext/Rallocators.h>

- lgautier

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谢谢lgautier，有什么办法可以修复这个问题吗？考虑到我已经安装了通常的“dev”软件包。 - Gabriel

这是因为 R 版本的原因。我必须更新 R 版本的检查：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/291/check-that-r-32-is-used-to-build - lgautier

Answer 3

这个解决方案对我有用，因为它实际上是一个头部问题：https://dev59.com/fmAg5IYBdhLWcg3w3eJi#23085474

sudo apt-get install libreadline-dev 

或者

yum install readline-devel

- Paul Bendevis

Answer 4

apt-get install -y python3-rpy2

安装python3-rpy2：

- Stefan

Answer 5

对于那些好奇的人，在Fedora中，你需要安装这个软件包：

sudo dnf install python3-devel

如果你有头文件问题，这将解决问题！ Pip正在尝试编译rpy2，因此它需要一个头文件。 头文件在这个包中！

- Stopfield