igraph (R) 如何仅使用强相关系数创建相关网络

Question

我正在尝试使用graph.adjacency来创建一个图，使用相关矩阵（值为-1到1），但仅包括最强相关的边，即小于-0.8或大于0.8的边。

以下是成功给我提供完整数据集网络的代码：

corrdata<-read.csv("spearmancorr.csv",header=FALSE)
cor_mat<-as.matrix(corrdata)
diag(cor_mat)<-0
graph<-graph.adjacency(cor_mat,weighted=TRUE,mode="lower")

我尝试使用delete.edges来缩小网络至至少>0.8以进行测试，但生成的文件仍显示边权重低于0.8。

graph.copy <- delete.edges(graph, which(E(graph)$weight !<0.8)-1)
write.graph(graph.copy, file="gsig80.graphml", format="graphml")

如何获取我想要的图形文件？有什么建议吗？

- user2988430

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请提供一个可重现的示例，包括数据，这样我就可以将您的代码粘贴到我的控制台中并运行它，而不会出现错误信息。 - bdemarest

我认为你需要修改邻接矩阵。 - Tyler Rinker

Answer 1

如果需要，您可以删除图中的边缘，或者在第一时间从矩阵中删除它们。例如：

cor_mat[ cor_mat < .8 ] <- 0
diag(cor_mat) <- 0
graph <- graph.adjacency(cor_mat, weighted=TRUE, mode="lower")

以下是创建图表后如何从中删除它们的方法：

graph <- delete.edges(graph, E(graph)[ weight < 0.8 ])

- Gabor Csardi

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这两种方法似乎都有效，因为文件大小有所减小。然而，当我使用 E(graph)$weights 检查权重时，边的权重不再是 r 值，而是矩阵文件中 A 列的 ID。 - user2988430

我在原始问题中添加了一个可重现的矩阵，谢谢。 - user2988430

我看不到任何矩阵。另外，spearmancorr.csv在哪里？请参见https://dev59.com/eG025IYBdhLWcg3whGSx。谢谢。 - Gabor Csardi

抱歉关于无法重现的例子。不过我已经找到了问题出现的地方。我用一个较小的矩阵（10x10）测试了您的答案，它运行良好。我的实际数据集有一个 5395x5395 的矩阵。当使用大矩阵时，“delete.edges”会剥夺所有边缘文件，仅保留 2 条边缘（这是不正确的）。是否有一种代码可以处理更大的文件？ - user2988430

我甚至更不理解......所以如果矩阵很小，代码可以工作，如果它很大，那么边缘权重将被一些矩阵的行ID替换？再次，请添加一个可重现的示例。它不必很小，如果您认为问题在于矩阵太大，请设置随机种子并创建一个随机矩阵。这是可重复的。 - Gabor Csardi