在R中输出igraph网络的shapefile

Question

您好，我正在使用igraph库在R中进行网络操作。

Vertices: 616 
Edges: 6270 
Directed: TRUE 
No graph attributes.
Vertex attributes: name, Lat, Lon.
Edge attributes: V3.

我如何使用顶点中的纬度和经度信息生成两个形状文件，一个用于顶点，另一个用于边缘？

- Seen

Answer 1

您可以使用sp和maptools包来完成此操作。 在maptools中有方便的函数writePointsShape()和writeLinesShape()可将其写入ESRI shapefile格式。

在此之前，需要从图形顶点中提取经纬度信息，并将其放入用于顶点的SpatialPoints对象以及用于边缘的SpatialLinesDataFrame对象中。

以下代码为下面的示例生成了一个非常简单的igraph对象。

library(igraph)

## Produce a ring graph with 4 vertices
x <- graph.ring(4)

## Add lat/lon information to vertices
V(x)$lat <- c(50, 50, 51, 51)
V(x)$lon <- c(40, 41, 41, 40)

现在，创建包含顶点信息的 SpatialPoints 对象。

library(sp)
library(maptools)

## Create SpatialPoints object containing coordinates
xV <- SpatialPoints(cbind(V(x)$lon, V(x)$lat))

## Write vertices to a shapefile
writePointsShape(xV, fn="vertices")

最后，创建SpatialLinesDataFrame对象以表示边缘。这有点混乱，但我还没有找到一个快捷的方式来根据坐标生成SpatialLines对象。

## Create SpatialLinesDataFrame object describing edges
edges <- get.edgelist(x)+1
edges <- cbind(edgeNum=1:nrow(edges), v1=edges[,1], v2=edges[,2])
xE <- apply(edges, 1, function(i) Lines(Line(cbind(c(V(x)$lon[i["v1"]], V(x)$lon[i["v2"]]), c(V(x)$lat[i["v1"]], V(x)$lat[i["v2"]]))), ID=as.character(i["edgeNum"])))
xE <- SpatialLinesDataFrame(SpatialLines(xE), data=data.frame(edgeNum=1:nrow(edges)))

## Write edges to a shapefile
writeLinesShape(xE, fn="edges")

- digitalmaps

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之前经纬度位置颠倒了，现已更正。请跟我重复一遍：(Lon=X, Lat=Y) :) - digitalmaps

在validityMethod(object)中出现错误：coords不能包含缺失值。这是我使用“apply”函数时得到的结果。您有任何建议可以检查这些值吗？抱歉，我是R的新手... - Seen

我假设你正在运行这个程序在你的616个顶点网络上，而不是给定的4个顶点环形示例。听起来有一些顶点没有经纬度信息。你可以使用print(yourGraph, vertex=T)进行检查。 - digitalmaps

终于成功了！谢谢！最后一个问题是要区分图的边缘方向... - Seen

不确定如何在shapefile中表示有向边（即弧线）。弧线/箭头是否是ESRI shapefile规范的一部分？ - digitalmaps