如何在R中使用igraph或tnet创建一个二分网络

Question

如何在R中使用igraph或tnet创建一个二分网络

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我有一个类似于以下结构的双模式网络的边列表：

person  Event
Amy     football_game
Sam     picnic
Bob     art_show

我希望在R中对此进行分析，但似乎我尝试的所有方法都失败了。将其转换为单模网络会遇到内存限制问题，并且我无法弄清楚如何在igraph或tnet中以二部图方式进行分析。

在igraph中，bipartite.projection给出了全部为FALSE的结果，而使用的igraph对象是：

net <- graph.edgelist(myobject)

在tnet上，我无法将igraph网络转换为tnet网络，并且当我尝试使用原始数据框时，会因图中的重复项而被拒绝。

因此，以下任何问题的答案都将非常感激：

如何使用bipartite.mapping函数？
如何将igraph对象输入tnet中？
如果所有其他方法都失败了，我该如何在tnet中输入具有重复边缘的数据框？

如果这些问题太基础，请见谅，因为很少有文档记录。

编辑

示例：

edgelist <- read.table(text="Person    Event
                             Amy       football
                             Bob       picnic
                             Sam       artshow", 
                       header=TRUE)
edgelist <- as.matrix(edgelist)

## Igraph Issues
igraph <- graph.edgelist(edgelist)
typevector <- bipartite.projection(igraph) 
# gets all FALSE

edgelist2 <- get.edgelist(igraph)
typevector <- bipartite.projection(edgelist2) 
# same thing

## tnet issues
tnet <- as.tnet(edgelist) 
# gives error: "There are duplicate events in the edgelist"
tnet <- as.tnet(edgelist2)
clusterMat <- clustering_local_tm(tnet)  
# gives error: "max not meaningful for factors"

onemode <- projecting_tm(tnet, method="Newman") 
# gives error: "arguments must have same length"

- Olga Mu

尽量发布一个可重现的例子。这将非常有帮助。我们不知道myobject是什么。 - Simon O'Hanlon

此外，如果有人有tnet的教程或示例，那就可以帮助很多人了。 - Olga Mu

@user1888451 Tore Opsahl（作者）在他的网站上演示了一些例子。http://toreopsahl.com/tnet/ - ndoogan

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Gabor Csardi · Accepted Answer

在igraph中，双分图是一种具有type顶点属性的网络。该属性必须是逻辑型的，对于其中一种节点类型为TRUE，对于其他节点类型为FALSE。因此，要从您的边列表创建一个双分图网络，只需创建一个常规图，然后添加type顶点属性即可：

edgelist <- read.table(text="Person    Event
                         Amy       football
                         Bob       picnic
                         Sam       artshow", 
                   header=TRUE)
igraph <- graph.data.frame(edgelist)

V(igraph)$type <- V(igraph)$name %in% edgelist[,1]
igraph
# IGRAPH DN-B 6 3 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)

'B'字母告诉你这是一个二分图。您可以通过以下方式创建此网络的单分投影：

bipartite.projection(igraph)
# $proj1
# IGRAPH UN-B 3 0 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)
#
# $proj2
# IGRAPH UN-B 3 0 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)

这将返回两个图的列表。如果您认为投影可能太大，可以先调用 bipartite.projection.size 函数，这将给出两个投影中顶点和边的数量。Igraph图的内存要求是（4m+2n）*8+O(1)字节，其中'n'是顶点数，'m'是边数。