在arrangeGrob中使用 pheatmap

Question

我尝试使用arrangeGrob()将两个图表放在同一个.jpg文件中。我刚开始学习网格和grobs，我认为我知道问题所在：pheatmap是一个网格对象，包含grob对象，不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗？

我是否需要将qplot放入网格中，将pheatmap放入网格中，然后将这些网格放入新的网格中？

library(grid)
library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(ggplot2)
hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))
hm=pheatmap(hmdat)
qp=qplot(1,1)
lm=rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
jpeg("plots.jpg")
arrangeGrob(qp,hm, layout_matrix=lm)
dev.off()

当使用时，上述代码片段可以正常运行。

arrangeGrob(qp,qp, layout_matrix=lm)

- Xizam

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尝试使用arrangeGrob(qp, hm[[4]], layout_matrix=lm)。pheatmap()的手册页面在“Values”部分明确说明它返回一个组件的list，但未提及第四个组件，即图表的gtable。您必须具体索引它，因为它不会触发函数调用内对象的R print方法查找/执行。 - hrbrmstr

太棒了，谢谢！你有什么建议吗？我应该怎样在未来遇到这种问题时自己找到解决方案呢？或者说，list value 4 是 gtable 的一种特殊情况吗？还是只是需要某种方式知道这个信息？如果你把你的解决方案作为答案输入，我会将问题标记为已解决。 - Xizam

Answer 1

我不确定你是想要六个数字还是想要两个数字，其中一个比另一个宽两倍（我尝试尽可能少的改动代码）：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")
library("ggplot2")

hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)
qp <- qplot(1,1)

lm <- rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
grid.arrange(grobs = list(qp,hm[[4]]), layout_matrix = lm)

这将会给你以下结果:

同样的方法，您可以将多个pheatmap并排显示：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")

hmdat <- rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)

lm <- rbind(c(1,2),
         c(3,3))
grid.arrange(grobs = list(hm[[4]],
                          hm[[4]],
                          hm[[4]]),
             layout_matrix = lm)

如@hrbrmstr在评论中提到的那样，您应该使用pheatmap对象中的第4项。还需记得将grobs作为列表提供给grid.arrange。

- Mehrad Mahmoudian

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出现错误：此S4类不可子集化。 - Hirak Sarkar

@hirak-sarkar 我刚试了一下，使用 R version 4.1.0、 pheatmap_1.0.12 和 gridExtra_2.3，运行正常。同时我也检查了 str(hm) 和 is.list(hm)，确认该对象确实为 S3 类型。不知道您是从哪里看到 S4 的类型的！请再次检查您的版本和对象。 - Mehrad Mahmoudian

好的，我明白了，在我的会话中有两个pheatmap，pheatmap::pheatmap是正确的。还有另一个来自ComplexHeatmap。 - Hirak Sarkar